الأول : روعي فيه التسلسل الموضوعي المنهجي للمسائل .
والثاني : روعي فيه تسلسل ورود المسائل في الكتب طبق أبواب الفقه .
وقد طبّق النحو الأول على المصطلحات التي أمكن تصنيف مسائلها ضمن محاور وأقسام أساسية ، من قبيل ألفاظ العبادات والمعاملات التي عنونت بها الأبواب الفقهية . أو بعض العناوين التي تكون مدخلا لطائفة من المسائل مثل مصطلح ( استبراء ) الذي جمعت مسائله من مواطن متفرقة وأبواب شتى في الكتب الفقهية .
وطبّق الثاني على المصطلحات ذات الصلة بالمصطلحات الأصلية وتكون مسائلها قليلة أو التي لم يمكن تصنيف مسائلها ضمن محاور وعناوين عامة لعدم وجود روابط منطقية أو منهجية بينها .
- طريقة ترقيم المسائل في المعجم الفقهي :
1 - استعملت ألفاظ الأعداد ( أولا ، ثانيا ، ثالثا . . . الخ ) في ترقيم محاور البحث في المصطلح أو عناوين فصوله ومقاصده الأساسية .
2 - استعملت الأرقام ( 1 ، 2 ، 3 . . . الخ ) في ترقيم المحاور الثانوية المتفرعة من المحاور الأساسية ، أو في ترقيم المسائل نفسها إذا أدرجت مباشره تحت محورها الأساسي .
3 - استعملت الحروف الأبجدية ( أ ، ب ، ج ، د . . . الخ ) أو هذه الحروف مع الأرقام المنونة للتفريع من المسائل ، أو الأرقام داخل معقوفين [ 1 ] ، [ 2 ] للتفريع الأدق ، فيكون هكذا ب / 1 [ 2 ] .