شيخ در اثر تصفيهء باطن به مقاماتى دست يافت كه از حدود اطّلاعات أغلب مردمان خارج است واز زمان وى تا به حال در زبان مردم إيران آگاهى حيرتآور شيخ بهايى از علوم متداول وفنون رياضى وعلوم غريبه معروف گشته است وغرائب بسيارى را به وى منسوب مىدارند وهر جا امر عجيبى مىبينند ويا مىشنوند آن را از آثار شيخ بهايى مىدانند ونوادر وقصههاى شگفتانگيزى را به شيخ نسبت مىدهند كه وقوع يا عدم وقوع آن قضايا تأثيرى در جلالت قدر أو ندارد .
اساتيد شيخ بهايى :
نخست أدبيات عرب وتفسير وحديث را نزد پدر خود ، شيخ حسين كه از شاگردان شهيد ثاني ( ره ) بود فراگرفت ، حكمت وكلام وقسمتى از علم منقول را از ملّا عبد اللّه يزدى صاحب حاشيهء تهذيب المنطق آموخت ، طب را از حكيم عماد الدين محمود اخذ كرد ورياضيّات را نزد ملا أفضل قاضى وملا على مذهب وبرخى ديگر از أكابر فراگرفت وصحيح بخارى را نزد محمد بن محمد بن محمد بن أبي اللّطيف مقدسي خواند ودر اندك زماني مراتب معقول ومنقول را تكميل نمود تا آنكه أو را از نوادر زمانش مىشمارند .
مشايخ روايت شيخ بهايى :
أحاديث ومصنّفات شيعهء اماميه را از والد معظّم خود وميرداماد روايت كرده ، صحيح بخارى از كتب عامه را نيز از أستاذ خود محمد بن محمد بن محمد مقدسي روايت نموده كه أستاذ وى نيز به واسطهء دوازده تن محدّث محمد نام على التّعاقب از خود محمد بن إسماعيل بخارى كه مؤلّف صحيح بخارى است روايت مىنمايد بنابراين واسطهء بين شيخ بهايى ومؤلف صحيح بخارى سيزده تن محمّد نام بودهاند وخود شيخ هم محمّد نام دارد واين سلسله از نوادر اتفاقات است .
شاگردان شيخ بهايى :
برخى از شاگردان معروف شيخ بهايى عبارتند از :
1 - شيخ جواد بن سعد اللّه مشهور به فاضل جواد .
2 - ملا حسنعلى ابن ملا عبد اللّه شوشترى .
3 - سيد حسين بن حيدر بن قمر حسينى كركى .
4 - ملا خليل بن غازي قزوينى .
5 - ملا خليل يا محمد خليل بن محمد اشرف قايينى .