* المواعظ والرسائل والخطب . مجموعة كبيرة .
* المهذِّب . في مكارم الأخلاق .
* مهيج الأحزان ومثير الأشجان في مصائب سادات الزمان . ألفه سنة 1225 . لعله نفس كتابه « مثير الأحزان » .
* النجوم . فيما يتعلق بالأمور الشرعية .
* نخبة الزائر . لعله هو كتابه « تحية الزائر » .
* نخبة الشرحين . يقصد شرحي نهج البلاغة لابن أبي الحديد وابن ميثم البحراني ، أتمه سنة 1241 . طبع في قم سنة 1425 في أربعة أجزاء .
* النور الساطع في شرح الشرائع . في ست مجلدات كبار .
* نهج السالكين ( أو منهج السالكين ) . في الأخلاق . طبع في النجف سنة 1383 باسم « الأخلاق » .
* نهج العارفين . فارسي في الأخلاق .
* الوجيز في التفسير . ألفه سنة 1239 وطبع في القاهرة وطهران وبيروت مكرراً .
* الوجيزة . رسالة عربية في الطهارة والصلاة مع الإشارة إلى المهم من الأدلة ، ألفها سنة 1236 .
وفاته :
توفي السيد - رفع اللَّه درجته - في ليلة الخميس من شهر رجب بعد مضي ست ساعات من الليل سنة 1242 ، وصلى عليه ولده القائم مقامه السيد حسن شبر ثم دفن بجنب أبيه في حجرة الرواق الكاظمي المعروفة ب « الخزنة » مما يلي الوجه الشريف .
شُيّع جثمانه الطاهر بتشييع مزدحم جداً من أهالي الكاظمية وبغداد ، ووصف بعضهم أن يوم وفاته كان يوماً عظيماً مشهوداً ، وأقيمت له فواتح كثيرة في مدن العراق وإيران ، وأبّنه الخطباء ورثاه الشعراء ، ومن المراثي التي قيلت فيه قصيدة السيد محمد بن معصوم الموسوي ويتخلص فيها إلى الإشارة بالمرجع الديني في ذلك العصر ميرزا محمد حسن المجدِّد الشيرازي ، وهي :
أروحُ وفي القلب منّي شجاً * وأغدو وفي القلبِ منّي شَجَنْ
ولم يُشجني فَقْدُ عيشِ الشباب * وليلِ الصبا ولذيذِ الوسَنْ