آيتاللّه علامه فانى سرانجام در ساعت 5 / 11 روز دوشنبه 23 / شوال / 1409 ق مطابق با 8 / خرداد / 1368 ش در يكى از بيمارستانهاى شهريار تهران در اثر سكتهء قلبى درگذشت . جسدش صبح روز سهشنبه در قم تشييع گرديد ، و در صحن حضرت معصومه عليها السّلام مدفون شد .
فهرست تأليفات ايشان در زمينههاى : كلام ، تفسير ، حديث ، رجال ، فقه ، اصول ، امامت ، تاريخ تحليلى ، اجتماعيات و شعر از اين قرار است :
كتب چاپ شده
1 - شرح شرايع در طهارت ، در پنج جلد .
2 - شرح شرايع در صلاة ، در پنج جلد .
3 - آراء الاصول حول مباحث الالفاظ ، در دو جلد .
4 - حاشية وسيلة النجاة .
5 - حاشية العروة الوثقى ، در دو جلد .
6 - ترجمهء تقويم المحسنين ( اثر فيض كاشانى ) .
7 - ترجمهء نصائح الهدى ( اثر علامه شيخ محمّد جواد بلاغى ) .
8 - رسالة فى البداء .
9 - بدا ( ترجمهء فارسى البداء ) .
10 - المختار فى الجبر و الاختيار ( تقريرات ) .
11 - جبر و اختيار ( ترجمهء فارسى آن ) .
12 - الامر بالمعروف و النهى عن المنكر .
13 - رساله توضيح المسائل ، به پنج زبان .
14 - قبسات العقول من الفروع و الاصول ، در پنج جلد .
15 - شعائر حسينيه ، به دو زبان .
16 - خمسون مسألة .