شد . ايشان پس از ورود اقدام به تدريس فقه و اصول و گفتن تفسير قرآن مجيد نمود .
مدتى هم در حرم مطهر ( دارالسلام ) به اقامهء جماعت و هدايت اشتغال داشت .
آيتاللّه شبسترى پس از 22 سال آستانبوسى ثامن الحجج عليه السّلام ، در اوايل سال 1416 ق حوزهء علميهء قم را مسكن گزيد و فقط به گفتن تفسير و احياى مراسم مذهبى اشتغال داشت و غالبا براثر كسالت و شدت بيمارى در منزل بسترى بود .
آثار قلمى ايشان به شرح زير است :
1 - الألطاف الالهية فى الخطابات القرآنية ، 1416 ق ، انتشارات رسالت قم ، وزيرى ، 288 ص .
2 - النكاح و الطلاق .
3 - دراية الحديث .
4 - زبدة الأحكام ( رسالهء عمليه ) ، در سال 1389 ق در تهران به چاپ رسيد .
5 - سوانح حيات ، گزيدهاى در شرح حال خود و بخشى از خاطرات .
6 - صيغ العقود .
7 - كتاب الأربعين : شرح چهل حديث عرفانى و اخلاقى ، 1414 ق ، رقعى ، قم ، 159 ص .
8 - مصباح الهداية يا مفتاح السعادة ، انتشارات مصطفوى تهران ، رقعى ، 80 ص . جلد اوّل اين اثر پيرامون نبوت است ، و جلد دوّم آنكه مخطوط است ، پيرامون امامت مىباشد .
9 - نماز شب .
آيتاللّه شبسترى سرانجام در صبح روز چهارشنبه 17 / صفر / 1420 ق برابر با 12 / خرداد / 1378 ش در يكى از بيمارستانهاى تهران درگذشت . پيكرش عصر روز پنجشنبه در قم تشييع و پس از اداى نماز ميت توسط آيتاللّه سيد محمّد وحيدى شبسترى در ابتداى قبرستان ابو حسين به خاك سپرده شد .