مرحوم خوئينى در پى كسالت كوتاه در روز دوشنبه 28 / صفر / 1372 ق مطابق با 26 / آبان / 1331 ش در سن 87 سالگى در قم درگذشت و بنا بر وصيت در قبرستان حاج شيخ به خاك سپرده شد .
شيخ على آل اسحاق خوئينى
فرزندانش :
1 - شيخ احمد آل اسحاق ، كه در كتابخانهء مسجد اعظم قم ، به فعاليت فرهنگى اشتغال داشت و داراى طبع شعر و نيز خط زيبا بود .
2 - شيخ محمّد آل اسحاق .
3 - شيخ عبد الرحيم آل اسحاق .
4 - شيخ على آل اسحاق .
5 - شيخ محمود آل اسحاق .
6 - شيخ اسماعيل آل اسحاق .
7 - شيخ على اصغر آل اسحاق .
8 - آقا مهدى آل اسحاق .
- منابع
1 - آثار الحجة 1 / 226 .
2 - الفهرست لمشاهير علماء زنجان 35 .
3 - تاريخ روابط ايران و عراق ( اثر مدرسى چهاردهى ) 301 .
4 - تاريخ زنجان 358 .
5 - زندگينامهء رجال و مشاهير ايران 3 / 161 ( مزارش را در شيخان دانسته كه اشتباه است ) .
6 - فهرست كتابخانهء آستان قدس رضوى 6 / 118 .
7 - گنجينهء دانشمندان 2 / 139 .
8 - مؤلفين كتب چاپى 3 / 910 ( مزارش در شيخان دانسته كه اشتباه است ) .
9 - نقباء البشر 3 / 1155 ( سال مرگش را در سال 1371 ق نوشته كه اشتباه است ) .