لذا مردم قمصر ناچارا سر تسليم فرود آورده و فرمايش آنها را پذيرفته و جنازه را با شكوه هرچه تمامتر ، سينهزنان و نوحهكنان با پرچمهاى عزا و دستهجات سينهزنى تا آخر قمصر تشييع نمودند . عدّهاى هم به دنبال جنازه بهسوى كاشان و قم رهسپار گرديدند .
در كاشان نيز جمعى از اهالى شهر خاصه حضرات علما و فضلا و خطباى محترم در تشييع جنازه ايشان شركت نموده و عدهاى هم به دنبال جنازه بهسوى قم حركت كردند و پيكر مطهر ايشان را در جوار على بن جعفر عليه السّلام دفن نمودند .
دستور امامزاده على ابن جعفر براى احترام جنازه
موقعى كه جنازه فقيه بزرگوار ، مرحوم آيتاللّه حاج سيد حسين موسوى قمصرى قدّس سرّه را ، به على بن جعفر قم بردند و متولى از آمدن جنازه آگاه شد ، فورا با عدهاى از اهالى قم ، از جنازه استقبال و احترام نموده و دستور داد جنازه را در بالاى سر دفن نمايند و هيچگونه پولى هم براى حق الدفن نگرفتند ، سپس متولى امامزاده اظهار نمود كه يك شب قبل از اين واقعه ، در خواب ديدم كه وارد زيارت امامزاده شدم . ناگاه ديدم حضرت على بن جعفر عليه السّلام از ميان ضريح خارج شد و فرمود عالمى از قمصر فوت مىشود و جنازهء ايشان را فردا به قم مىآورند ، شما او را مىبرى در بالاى سر دفن مىكنى و پول هم نمىگيرى .
شعر ميرزا اسماعيل فيضى در فقدان آيتاللّه موسوى قدّس سرّه
مرحوم حجة الاسلام و المسلمين ميرزا اسماعيل فيضى قمصرى ، كه از نوادههاى علامه بزرگوار ملّا محسن فيض كاشانى و از ائمه جماعت و خطباى محترم قمصر بودند ، شعرى را در فوت مرحوم آيتاللّه حاج سيد حسين موسوى قمصرى قدّس سرّه سرودهاند كه از اين قرار است :
ناگهان گويا قيامت كرد در قمصر قيام * يا كه رفت از دهر فانى سيدى والامقام