شيخ اسماعيل پس از آموختن مقدمات در سال 1336 ق به تهران رفت و نزد آيات : ملا على همدانى ، شيخ محمّد باقر اصفهانى و سيد على ورامينى به تحصيل پرداخت . آنگاه در سال 1341 ق به قم مهاجرت كرد و سطوح عالى را نزد آيات : ميرزا محمّد همدانى و سيد محمّد تقى خوانسارى به انجام رساند و خارج فقه و اصول را از محضر آيات : حاج شيخ عبد الكريم حائرى يزدى ، سيد محمّد حجت كوهكمرى و سيد على يثربى كاشانى و حكمت را در محضر ميرزا على اكبر حكمى يزدى « تجلى » استفاده نمود .
ايشان در سال 1360 ق رحل اقامت خود را در تهران افكند و در « مسجد بازار آهنگرها » به اقامهء جماعت و گفتن تفسير قرآن و تدريس و نشر احكام الهى پرداخت .
از آثار او
1 - رسالهاى در لباس مشكوك .
2 - شرح بيع مكاسب .
3 - شرح كفاية الاصول .
بهارى در سال 1390 ق مطابق با 1349 ش در سن 70 سالگى در تهران درگذشت و در حرم حضرت معصومه عليها السّلام - جنب قبر استادش حائرى يزدى - مدفون گرديد .