بروجردى تقاضا كردند كه : شخصيت باكفايتى را به تهران اعزام دارند تا در مسجد حاج سيد عزيز اللّه ، اقامه نماز كرده و به امور دينى مردم بپردازد . آيتاللّه بروجردى ، ايشان را به تهران فرستاد .
خوانسارى تا آخر عمر پربركتش در مسجد سيد عزيز اللّه تهران به اقامهء نماز جماعت و تدريس خارج فقه مشغول بود و عمر پرثمر خود را در خدمت به اسلام و حوزههاى علميه سپرى نمود . آيتاللّه سيد عبد اللّه شبسترى جزو ملازمان خاص ايشان بود و سالها از درسشان بهرهمند شدهاند .
مرجعيت و تأليفات
بعد از وفات مرجع كبير آيتاللّه بروجردى ، جمع كثيرى از مردم ايران و برخى از كشورهاى ديگر ، به ايشان رجوع كرده و از ايشان تقليد نمودند . شهرت علمىاش بر كسى پوشيده نبود و همواره فقهاى نجف نيز احترام خاصى برايش قايل بودند .
از تأليفات ايشان مىتوان به عناوين زير اشاره كرد
1 - العقائد الحقة ، در علم كلام .
2 - جامع المدارك فى شرح المختصر النافع ، كه فقه استدلالى منقّح و مهذّبى است و جامع بين و جازت لفظ و دقت و تحقيق در مطالب مىباشد ، در هفت جلد .
3 - حاشيه بر عروة الوثقى .
4 - حاشيه بر مناسك حج ( اثر شيخ انصارى ) .
5 - رسالهء عمليه ، به زبانهاى فارسى و عربى .
6 - رسالهء مناسك حج .
وقايع سال 1342 ش
آيتاللّه خوانسارى همراه ديگر علما ، نسبت به حوادث سال 1342 ش شركت نمود . از جمله در بازار تهران - در پى اعتراض به دستگاه حاكم - مورد هجوم