خوانسارى اعلم علماى شيعه باشد و لكن ايشان قناعت كردند كه اعلم علماى اراك باشند . به مجرد اينكه خوانسارى اين قضيه را شنيده و متوجه شدند كه رضايت حائرى در اين است كه ايشان در قم باشند ، همان روز عازم قم شده و در اين شهر اقامت گزيد .
وى دروس حكمت را از محضر حكيم متأله ميرزا على اكبر حكمى يزدى « تجلّى » بهرهمند شد . خوانسارى پس از دو ماه از ورودشان به قم ، آيتاللّه حائرى محل اقامت نماز جماعت خود را - در مدرسهء فيضيه - به ايشان تفويض كرد ، و در اولين نماز جماعت هم شركت جست و به ايشان اقتدا نمود .
خوانسارى در مدتى كه در حوزهء مقدسهء قم توقف داشت ، از احترام خاصى برخوردار بود ، و از مدرسان و فضلاى بزرگ حوزه به شمار مىرفت . و علاوه بر تدريس خارج فقه و اصول ، از مدرسان فلسفه و رياضيات نيز شمرده مىشد .
سيد احمد خوانسارى / سيد على اكبر برقعى « كاشف »
اقامت در تهران
در رابطه با عزيمت ايشان به تهران ، علامه شيخ آقا بزرگ تهرانى مىنويسد : در محرم / 1370 ق كه علامه حاج يحيى سجادى وفات كرد ، اهالى تهران از آيتاللّه