4 - تحقيق كتاب الوسائل في الفقه .
5 - الخلل .
6 - حاشية الطهارة للشيخ الأنصاري .
7 - حاشية على المكاسب .
8 - حاشية فرائد الأصول .
9 - حاشية الطهارة .
10 - حاشية على نخبة الكرباسي .
11 - حاشية على نجاة العباد .
12 - حاشية على شرح منظومة السبزواري .
13 - رسالة عملية في الفقه لمقلديه ( النخبة ) .
14 - رسالة في المبادئ اللغوية .
15 - رسالة في مقدمة الواجب .
16 - رسالة في الاستصحاب .
17 - شرح التبصرة خرج منه مجلد الطهارة .
18 - الفوائد الجفرية .
19 - قواعد الرمل .
20 - قواعد الجفر .
21 - كتاب الطرائف والنوادر .
22 - كتاب المجالس في المواعظ .
23 - الوسائل في الفقه .
وكتب الشيخ محمد علي الخوانساري بخطه " منظومة في الكافية " فرغ منها عام 1276 ه / 1859 م .
توفى الشيخ الخوانساري في مدينة النجف الأشرف في ليلة الثاني من رجب عام 1332 ه / 1914 م ، ودفن في الصحن الحيدري الشريف .
المفصل في تاريخ النجف الأشرف — صفحة 147
مساهمون: حسن عيسى الحكيم
ص١٤٧