2 - حاشية على كتاب " الكفاية " للآخوند الخراساني .
3 - حاشية على كتاب " العروة الوثقى " للسيد اليزدي .
4 - الحج من كتاب القواعد للعلامة الحلي ، وقد صححه الشيخ محمد رضا المظفر .
5 - دلائل الصدق لنهج الحق في الإمامة ، يقع في ثلاثة مجلدات ، وهو تتميم لكتاب " إحقاق الحق " للقاضي نور اللّه التستري ، الذي ألفه عام 1019 ه ، وكان يورد كلام العلامة الحلي في كتابه " نهج الحق " ثم كلام ابن روزبهان في رده للعلامة ناقضا بعد ذلك كلام ابن روزبهان ، ومثبتا ما ورد في نهج الحق ، وقد فرغ منه عام 1350 ه .
6 - رسالة في فروع العلم الإجمالي من الصلاة .
7 - رجال الشيخ محمد حسن بن الشيخ محمد المظفر .
8 - شرح على عبادات " القواعد " للعلامة الحلي ، وهو موسوعة فقهية استدلالية .
9 - كتاب فقهي استدلالي خرج منه أكثر كتاب الطهارة .
10 - مجموعة شعرية .
11 - مجموعة نثرية بقلمه .
12 - وجيزة المسائل ، رسالة عملية في العبادات .
وقد خلط الأستاذ كوركيس عواد بين مؤلفات الشيخ محمد حسن المظفر ، ومؤلفات أخيه الشيخ محمد حسين المظفر ، فنسب للشيخ محمد حسن كتابي " تاريخ الشيعة " و " الثقلان والكتاب والعترة " ، ثم أورد نفس الكتابين عند ترجمته للشيخ محمد حسين المظفر « 1 » .
توفى العلامة الكبير الشيخ محمد حسن المظفر يوم الأربعاء 23 ربيع الأول 1375 ه / 1956 م في بغداد ، ونقل جثمانه إلى مدينة النجف الأشرف يوم الخميس ،
هامش
( 1 ) كوركيس عواد : معجم المؤلفين العراقيين 3 / 142 .