2 - تعليقات على منهج المقال ، فرغ منه عام 1315 ه .
3 - تقريرات الشيخ مرتضى الأنصاري بعنوان " شرح الحادي عشر " كتبه على بحث أستاذه ملا علي الخليلي .
4 - تعليقة على فوائد الوحيد البهبهاني في الرجال .
5 - حاشية على كتاب المعالم .
6 - رسالة في مسألة الدعوى بلا معارض كتبها من درس أستاذه الملا علي الخليلي .
7 - رسائل في تمام أبواب الفقه .
8 - رسالة في مهمات الفقه وقواعده .
9 - رجال الخاقاني .
10 - رسالة في العبادات من الطهارة والصلاة والصيام إلى الخاتمة في الاعتكاف .
11 - رسالة في الاستصحاب مبسوطة التمسه أستاذه الميرزا حسن الشيرازي على تصنيفها .
12 - الرسالة العملية .
13 - شرح اللمعة الدمشقية في ثلاثة مجلدات كبار ، فرغ منه عام 1301 ه .
توفى العلامة الكبير الشيخ علي الخاقاني يوم 27 رجب 1334 ه / 1916 م في النجف الأشرف ودفن في الصحن الشريف على يمين الداخل للصحن من باب الفرج .
المفصل في تاريخ النجف الأشرف — صفحة 211
مساهمون: حسن عيسى الحكيم
ص٢١١