من مدينة كربلاء في الثاني من ربيع الأول 1315 ه / 1897 م بعد أداء مراسيم الزيارة لمرقدي الحسين والعباس عليهما السلام ، وقد خرجت النجف عن بكرة أبيها لاستقبال جثمانه وحمل نعشه على الأعناق من الكوفة إلى النجف ودفن في مقبرة أسرته ، ورثاه جمع من الأدباء والشعراء ومنهم : السيد جعفر الحلي ، والشيخ جواد الشبيبي ، والشيخ محمد حسين كاشف الغطاء ، والشيخ عبد الحسين الحويزي ، والشيخ عبد الحسين العاملي ، والسيد رضا الهندي ، والشيخ محمد السماوي ، وأرخ السيد جعفر الحلي وفاته بقوله :
سقى عفو الإله ضريح قدس * لا فضل مودع في خير مشهد
مقام تنزل الأملاك فيه * بأذن اللّه والأنوار تصعد
فقل طوبى لساكنه وأرخ * ( بأعلى الخلد للعباس مرقد )
وأرخ وفاته الشيخ جواد الشبيبي بقوله :
وسائل بلسان الدمع الهبني * نسأله ولسان الدمع مقياس
أجاب عني فم التاريخ سايله * دار الخلود بها قد فاز عباس