الطاعون في مدينة النجف غادرها الشيخ علي الكني إلى طهران وأصبح فيها مرجعا وفقيها ، وقد ألف في الفقه والأصول ما يلي « 1 » :
1 - إرشاد الأمة ، رسالة عملية .
2 - الاستصحاب .
3 - أجزاء أو كراريس في الفقه والرجال .
4 - تحقيق الدلائل في شرح تلخيص المسائل في القضاء والشهادات .
5 - توضيح المقال في الرجال والدراية .
6 - الصلاة .
7 - الطهارة .
8 - كتاب البيع والخيارات .
9 - مسائل الأوامر والنواهي والمفاهيم والاستصحاب ، كتبها عام 1244 ه .
توفى الشيخ ملا علي الكني يوم الخميس 27 محرم الحرام عام 1306 ه / 1888 م في طهران ودفن بالقرب من قبر السيد حمزة بن الإمام موسى الكاظم عليه السلام في مشهد السيد عبد العظيم الحسني ، وقد رثاه السيد حيدر الحلي بقصيدة منها « 2 » :
وأحر قلبي لخطب هائل هجما * أحال مذ حل أمجاد الورى عدما
رزء أناخ بأقصى الأرض كلكلة * فثل ركنا من الإسلام فانهدما
قد حلت اليوم بالإسلام كارثة * فهونت كلما يأتي وما قدما
قضى علي فما العيون إذا * لم تمزج الدمع من فرط البكاء دما
هامش
( 1 ) حرز الدين : معارف الرجال 2 / 113 ، الأمين : أعيان الشيعة 1 / 125 ، الطهراني : الذريعة 4 / 427 ، الخياباني : كتاب علماء معاصرين ص 26 ، الأميني : معجم رجال الفكر ص 381 ، مصادر الدراسة عن النجف والشيخ الطوسي ص 83 .
( 2 ) الأمين : أعيان الشيعة 42 / 14 - 15 .