وكتب العلامة الشيخ محسن خنفر كتبا في الفقه واللغة والرجال وهي « 1 » :
1 - التصنيف الإملائي .
2 - التحريرات في الفقه ، كتبها تلميذه السيد محمد بن السيد هاشم الهندي .
3 - مقاصد النجاة ، رسالة عملية في الطهارة والصلاة .
4 - مؤلفات لم يخرج منها شيء إلى المبيضة في الفقه والأصول والكلام .
وقد طلب منه أعلام أسرة آل نظام الدولة في النجف الأشرف تأليف موسوعة في الفقه ، وفوضوا إليه أمر مكتبتهم النفيسة ومصادرها الكثيرة ، وقد أجاب طلبهم ولكن أصابته بمرض في أعصابه حالت دون إنجاز هذه المقترح « 2 » .
ومن ثم وفاته في ليلة السبت 29 ربيع الثاني عام 1270 ه بمرض الحمى المطبقة ، ودفن بالصحن الشريف بالقرب من العلامة الشيخ حسين نجف ، من جهة باب القبلة على يمين الخارج من الصحن .
هامش
( 1 ) الطهراني : مصفى المقال ص 388 ، الذريعة 1 / 386 ، 3 / 394 ، محبوبة : ماضي النجف وحاضرها 2 / 60 ، حرز الدين : معارف الرجال 2 / 177 ، الأمين : أعيان الشيعة 43 / 178 ، الأميني : معجم رجال الفكر ص 169 ، كحالة : معجم المؤلفين 8 / 183 ، الدجيلي : الدرر البهية 2 / 92 .
( 2 ) حرز الدين : معارف الرجال 2 / 177 .