11 - الرسالة الصومية .
12 - رسالة في مباحث الألفاظ في الأصول .
13 - شرح الفوائد الحكمية الاثني عشرية ، ألفه عام 1211 ه .
14 - كتاب جواب المسائل التوبلية التي سألها منه الشيخ عبد علي التوبلي ، وهو كبير جدا متضمن لتطبيق الباطن مع الظاهر .
15 - كتاب أسرار الصلاة .
16 - المسائل القطيعية .
17 - المقالة الصومية .
18 - مختصر الرسالة الحيدرية ، فرغ منه عام 1236 ه .
19 - لوامع الوسائل في أجوبة جوامع المسائل .
20 - رسالة في حجية الإجماع وحجية أحكامه السبعة وحجية الشهرة .
21 - رسالة في أصول الدين .
22 - رسالة في جواز تقليد غير الأعلم .
رابعا : الفلسفة وعلم الكلام .
1 - جوامع الكلم ، يقع في مجلدين كبيرين .
2 - حياة النفس إلى حضرة القدس في المعارف الخمسة .
3 - رسالة في الأوعية الثلاثة .
4 - رسالة في المعراج والمعاد ، شرحها تلميذه السيد كاظم الرشتي .
5 - رسالة في القدرة كتبها بالتماس الشيخ عبد اللّه بن الشيخ مبارك الجارودي القطيفي .
6 - رسالة في تحقيق الجواهر الخمسة ، والأربعة عند الحكماء والمتكلمين ، والأجسام الثلاثة والأعراض الأربعة والعشرين وعن مادة الحوادث وبعض مسائل الفقه .
7 - رسالة في بيان حقيقة العقل والروح والنفس بمراتبها .