أولا : الفقه والأصول
1 - أنيس المجتهدين في أصول الفقه
2 - أنيس التاجر في مسائل التجارة ، وورد بلفظ " أنيس التجار "
3 - تجريد الأصول ، وهو في أصول الفقه
4 - التحفة الرضوية في المسائل الدينية
5 - رسالة فقهية في العبادات
6 - رسالة في مناسك الحج
7 - رسالة في الفقه
8 - رسالة في الاجماع ، فرغ من تأليفها في شوال عام 1180 ه
9 - الرسالة العلمية في العبادات
10 - رسالة في منجرات المريض
11 - لوامع الاحكام في فقه شريعة الإسلام
12 - لمعات الشرعية
13 - معتمد الشيعة في أحكام الشريعة
14 - مناسك الحج
ثانيا : الفلسفة وعلم الكلام
1 - أنيس الموحدين في أصول الدين
2 - جامع الافكار ونافذ الانظار
3 - جامع السعادات ، ويقع في ثلاثة اجزاء ، وقد شرحه ولده الشيخ أحمد النراقي المتوفى عام 1244 ه وسماه " معراج العلاء "
4 - كتاب في أصول الدين
5 - اللمعة الإلهية في الحكمة المتعالية
6 - معراج السعادة
7 - نخبة البيان