بعد إشاعة تلك التهمة بين الإسرائيليّين خاف من بطشهم وشرورهم ، فانتقل إلى بستان ودخل في شجرة واختفى فيها ، فعلم أشرار قومه بمخبئه ، وجاءوا إليه وقطعوا الشجرة إلى نصفين وهو بداخلها ، فانقسم إلى شطرين ومات شهيدا في سبيل اللّه .
دفن في بيت المقدس ، وله فيه مرقد يزار .
وكان عمره يوم شهادته 99 سنة ، وقيل : 100 سنة ، وقيل أكثر من ذلك ، ويقال : إنّه مات موتا طبيعيا .
القرآن العظيم وزكريا عليه السّلام
شملته الآية 61 من سورة البقرة :
وَيَقْتُلُونَ النَّبِيِّينَ . . . .
والآية 87 من نفس السورة :
فَفَرِيقاً كَذَّبْتُمْ وَفَرِيقاً تَقْتُلُونَ .
وجاء ذكره في الآية 37 من سورة آل عمران :
وَكَفَّلَها زَكَرِيَّا كُلَّما دَخَلَ عَلَيْها زَكَرِيَّا الْمِحْرابَ وَجَدَ عِنْدَها رِزْقاً قالَ يا مَرْيَمُ أَنَّى لَكِ هذا . . . .
والآية 38 من نفس السورة :
هُنالِكَ دَعا زَكَرِيَّا رَبَّهُ قالَ رَبِّ هَبْ لِي مِنْ لَدُنْكَ ذُرِّيَّةً طَيِّبَةً . . . .
والآية 85 من سورة الأنعام :
وَزَكَرِيَّا وَيَحْيى وَعِيسى وَإِلْياسَ كُلٌّ مِنَ الصَّالِحِينَ .
وفي سورة مريم نزلت فيه بعض الآيات ، وهي :
الآية 2 :
ذِكْرُ رَحْمَتِ رَبِّكَ عَبْدَهُ زَكَرِيَّا .
والآية 4 :
قالَ رَبِّ إِنِّي وَهَنَ الْعَظْمُ مِنِّي . . . .
والآية 5 :
وَإِنِّي خِفْتُ الْمَوالِيَ مِنْ وَرائِي . . . .
والآية 6 :
يَرِثُنِي وَيَرِثُ مِنْ آلِ يَعْقُوبَ . . . .
والآية 7 :
يا زَكَرِيَّا إِنَّا نُبَشِّرُكَ بِغُلامٍ اسْمُهُ يَحْيى . . . .
والآية 8 :
قالَ رَبِّ أَنَّى يَكُونُ لِي غُلامٌ . . . .
والآية 10 :
قالَ رَبِّ اجْعَلْ لِي آيَةً . . . .
والآية 11 :
فَخَرَجَ عَلى قَوْمِهِ مِنَ الْمِحْرابِ . . . .