نسخ الأصول المخطوطة :
لم يجتمع تفسير الهداية للقرآن كله في مخطوطة واحدة بل تعددت ووصل عدد النسخ المعتمدة والمقابل عليها أكثر من عشرين مخطوطة مصدرها من بلاد المغرب :
الرباط والحسنية ومكناس والقرويين ، وأكبر عدد اعتمد عليه في التحقيق خمس نسخ وأدناها نسختان ، وهذا توضيح للنسخ المعتمد عليها لأجزاء القرآن المختلفة من تفسير الهداية مع رموزها :
الجزء الأول : سورة الفاتحة والبقرة ( خمس نسخ ) وهي :
( ع 1 ) نسخة الخزانة العامة في الرباط رقم ( ق 603 ) .
( ع 2 ) نسخة قسم الوثائق بالخزانة العامة في الرباط رقم ( ق 814 ) .
( ح ) نسخة الخزانة الحسنية الملكية في الرباط رقم ( 5375 ) .
( ق ) نسخة خزانة القرويين في المغرب رقم ( 1989 ) .
( ع 3 ) نسخة الخزانة العامة في الرباط رقم ( ق 217 ) .
الجزء الثاني : سورة آل عمران والنساء ( خمس نسخ ) وهي :
( أ ) نسخة قسم الوثائق بالخزانة العامة في الرباط رقم ( ق 814 ) .
( ب ) نسخة الخزانة العامة في الرباط رقم ( 603 ) .
( ج ) نسخة الخزانة العامة في الرباط رقم ( ق 217 ) .
( د ) نسخة خزانة القرويين في المغرب رقم ( 19 - 89 ) .
( ه ) نسخة خزانة الجامع الكبير بمكناس رقم ( 388 ) .
الجزء الثالث : سورة المائدة والأنعام ( أربع نسخ ) وهي :
( أ ) نسخة خزانة الجامع الكبير بمكناس رقم ( 388 ) .