ساخت و املاك و چند باغ وقف بر آن نمود .
پس از فوت او را پهلوى قبه دفن كردند توليت اين موقوفه بدست فرزندش ميرزا نظام الملك يكى از وزراء همين دولت صفوى بود . پس از او با فرزندان و بازماندگانش بود . سلطان خليل كه از طرف شاه اسماعيل پسر شاه حيدر صفوى حاكم شيراز بود بقعه مذكور را مرمت كرد و ساختمان آن را افزايش داد در سال 810 .
حمزة بن موسى در رى دفن شده در قريه معروف بشاهزاده عبد العظيم كه داراى قبه و بارگاه و خدام است شاهزاده عبد العظيم با آن جلالت و مقامى كه داشت در ايام سكونتش در رى به زيارت حمزة بن موسى ميرفت و اين مطلب را از مردم مخفى ميداشت ، مخفيانه به بعضى از خواص خود گفت كه اينجا قبر يكى از اولاد موسى بن جعفر عليه السّلام است .
از كسانى كه نائل بقرب جوار حمزة بن موسى پس از فوت شده شيخ بزرگوار پيشواى مفسرين جمال الدين ابو الفتوح حسين بن على خزاعى رازى است صاحب تفسير معروف بروض الجنان در بيست جلد به فارسى كه تفسير عجيبى است روى قبرش اسم و نسب او با خط قديمى نوشته شده آنچه در مجالس المؤمنين نوشته كه قبرش در اصفهان است بسيار بعيد مينمايد .
در تبريز نيز مزار بزرگى است كه نسبت ميدهند بحمزه ، همچنين در قم وسط شهر مزارى است داراى ضريح كه صاحب تاريخ قم مينويسد : قبر حمزة بن موسى بن جعفر عليه السّلام است ولى صحيح همان است كه ما نوشتيم شايد اين مزار متعلق بيكى از فرزندان موسى بن جعفر باشد .
اما دو مرقدى كه در صحن كاظمين است كه ميگويند از اولاد موسى ابن جعفرند معلوم نيست خوب بودهاند يا بد من نديدهام كسى متعرض حال آنها شود جز اينكه علامه سيد مهدى قزوينى در كتاب مزار خود بنام فلك النجاة مينويسد :
دو قبر مشهور هست در صحن كاظمين كه از اولاد موسى بن جعفرند ولى از فرزندان
بحار الأنوار ( ج 48 ) ( زندگانى حضرت امام موسى كاظم ( ع ) ) ( فارسى ) — صفحة 281
مساهمون: العلامة المجلسي
ص٢٨١