وقد بنى علاجه على بعض مبادئ يمكننا أن نحصرها في النقط الثلاث الآتية : أولا : مبدأ الحيوية Vitalism يعتقد أبقراط أن هناك عنصرا خاصا غير مادي يحيا به الجسد هو النفس Psyche . وهو بمثابة نسيم عابر ينقرض بانقراض الجسد . وهذا المبدأ الحيوي صدى للآراء الروحية السائدة في ذلك الزمن . ثانيا : مبدأ الأخلاط Humorism المبنى على الاعتقاد بأن الأشياء مكونة من العناصر الأربعة الأساسية : الحار والبارد والرطب واليابس . فالجسم الإنسانى مزيج متناسب من الدم والبلغم والمرارة السوداء والمرارة الصفراء ، فإذا كانت هذه الأمزجة في تناسق محكم في الكيفية والكمية تمتع الجسد بصحة جيدة وهي حالة الكرازيس Crasis ( أي الامتزاج ) ولكن إذا زاد أحد الأمزجة أو نقص أو امتنع من الامتزاج بالعناصر الأخرى حدثت الأمراض Dyscrasis . وأكثر الأمراض ناحمة من ازدياد في البرودة أو الحرارة . وهناك تماسك وتضامن في أعضاء الجسم ووظائفه . فإذا مرض عضو أثر على الجسم كله . ثالثا : المبدأ الطبيعي Naturism أي محاكاة الطبيعة في المعالجة . لقد تحقق أبقراط بالملاحظة أن هناك طبائع لا تتغير ذات صفات ثابتة . ولكل مرض تطور طبيعي ونضوج محدود السير والمصير . وهناك مبدأ بسيط واحد في ذاته متعدد بمفعوله هو الطبيعة . وهذا المبدأ يشرف على جميع الوظائف الحيوية ويقاوم العوامل الهدامة للجسم . وعلى الطبيب أن يساعد هذه الطبيعة لكي تقوم بعملها . فلا بد له من أن يعرف البحران أو الحومة Crisis ، وهي النقطة الفاصلة في المرض التي تؤذن بالاتجاه نحو التحسن أو التفاقم ، وأن يعرف الأيام الحاسمة .