أعماله الفكريّة : وأما نتاجه الفكري وعطاؤه العلمي فيعد من النفائس ، فله مؤلفات عديدة أصبحت معتمدا في الحوزات العلميّة والمحافل والثقافية حتى أن بعض كتبه تعد الآن من الضروريات لطالب العلم ، إذ لا يمكن الاستغناء عن دراستها لمتابعة مسيرته العلميّة في الحوزة ، ككتابي المنطق وأصول الفقه . وبالرغم من أن حياة شيخنا المظفر كانت قصيرة ، قضاها عملا وجهادا في سبيل إعلاء كلمة المذهب الحق ، والمصلحة العامّة ، فإنه قد أغنى المكتبة الإسلامية بمؤلفاته القيّمة في ميادين شتى وعلوم مختلفة ، وهي : 1 - كتاب في المنطق يقع في ثلاثة أجزاء ، وهو مطبوع ، ويعد الآن من كتب المقدمات التي تدرس في الحوزات العمليّة في حاضرات البلدان الإسلامية والعواصم الشيعيّة كالنجف الأشرف وقم المشرفة وخراسان وفي بلاد الشام لا سيما جبل عامل . 2 - كتاب في أصول الفقه ، وهو عبارة عن محاضرات ألقى جملة منها في كلية الفقه ، وهو متداول الآن في الحوزات يقع في أربعة أجزاء ، ويعد هذا الكتاب بمثابة الحلقة المفقودة في علم الأصول بين كتابي المعالم وكفاية الأصول ، وقد أكسب هذا الكتاب مؤلفه شهرة عظيمة لما ناله من إعجاب وإقبال منقطع النظير في الأوساط العلمية الدينيّة ، فهو يجمع بين سلاسة العبارة ودقة البحث وعمق الفكرة ، مع انتقاء الآراء الحديثة التي وصل إليها هذا الفن بعد عرض توضيحي لآراء الأصوليين المتقدّمين . 3 - كتاب السقيفة : وهو سفر قيّم مطبوع ، تعرّض فيه لجذور الخلاف في مسألة الخلافة الإسلامية . 4 - على هامش السقيفة : وهو كراس يتضمن أجوبة مسائل وإشكالات أثارها البحاثة الأستاذ عبد اللَّه الملاح حول موضوع السقيفة ، وقد طبع في سنة