توفي المرحوم الملا علي حوالي عام 1325 ه‍ . ق ودفن في مسقط رأسه ، ثمّ نُقلت جنازته بمعية جنازة زوجته إلى النجف الأشرف بناءً على وصيةٍ منه لتُدفن في تلك الأرض المقدسة . أساتذته بالنظر إلى رغبة آية اللَّه الجرقوئي الفطرية والعائلية تجاه دراسة العلوم الدينية ورجال الدين بدأ دراسته وهو شبل ، وبعد إتمامه المقدمات استفاد مدَّة أعوام في أصفهان من دروس العلماء والمراجع الدينيين من قبيل : السيد محمد باقر درجئي والآخوند الكاشي والآخوند الملا حسين الفشاركي ، ثمّ هاجر إلى النجف الأشرف واستفاد من أكابر من قبيل : السيد محمد كاظم اليزدي صاحب ( العروة الوثقى ) وشيخ الشريعة الاصفهاني والنائيني لينال عندها أعلى الدرجات العلمية . ينقل آية اللَّه الحاج حسين الخادمي رحمه الله : « جاء المرحوم الجرقوئي إلى النجف عندما كنت هناك لغرض إكمال الدراسة والمراحل العلمية ، وفي اليوم الأول من حضوره درس النائيني طرح إشكالًا علمياً لفت انتباه النائيني إلى درجة استدعاني المرحوم الميرزا بعد نهاية الدرس وسألني عن هويته وأحواله . وقد طوى المراحل العلمية العالية ونال الاجتهاد بجهده وتشجيع من قبل المرحوم الميرزا » . الرجوع إلى أصفهان بعد إقامته في النجف التي دامت سنوات شعر بعدم الحاجة للمواصلة هناك فغادر النجف نحو إيران راجعاً إلى أصفهان ، واهتمَّ هناك بتدريس الفقه