الأنطونيّة طلب موافقة أبناء مفرّج فكان له ما أراد ، وسلّم الدير إلى القسّ عطالّله كريكر الشبابيّ 1716 . لمّا تسلّم الأنطونيّون الدير شرعوا ببناء أقبية أقاموا فوقها غرفا عديدة . ثمّ أضاف الآباء اللاحقون إنشاءات إليه . وفي عهد الرئاسة العامّة للأباتي الياس أبو جودة ، صدر أمر من البطريرك بولس مسعد بتعديل البناء الذي جرى 1887 . وفي 1891 أضاف القس نعمة الله الملّاح اليشوعي أبنية جديدة إليه ، أكملها من بعده خلفه في الرئاسة القس أرسانيوس الملاح . أمّا صورة مار عبدا القديمة فرسمها الأب نعمة الله الملّاح سنة 1889 . وفي ستّينات القرن العشرين عيّن الأب حكيم اليشوعي الأنطوني رئيسا لهذا الدير الذي كان تداعى بناؤه وأصبح شبه خرب ، فقام الأب حكيم بإعادة بناء الدير ، واستصلح سائر الأبنية التابعة له بشكل أعادها إلى طرازها التراثيّ من دون المسّ بعراقة الهندسة الأثرية ، وقد ظهرت براعته أكثر ما ظهرت في ترميم وتوسيع الكنيسة . كما استصلح مئات ألوف الأمتار الزراعيّة المحيطة بالدير ، ومهّد الأراضي حواليه ، فأضفى عليها مسحة جماليّة . مناسباتها الخاصّة عيد مار عبدا في 16 أيّار .