وفي البحث الأصولي تمثل بكتاب « المعالم » الذي وضعه جمال الدين الحسن بن زين الدين الشهيد الثاني « 1 » ، وقد وصفته الكتب المختصة : « بأنه « مثل المستوى العالي لعلم الأصول في عصره بتعبير سهل ، وتنظيم جديد ، الامر الذي جعل لهذا الكتاب شأنا كبيرا في عالم البحوث الأصولية ، وحتى أصبح كتابا دراسيا في هذا العلم تناوله المعلقون بالتعليق والتوضيح والنقد » « 2 » . وقد طبع هذا الكتاب عدة طبعات في إيران . وأهم تلك التعاليق على المعالم هو كتاب « هداية المسترشدين » للشيخ محمد تقي الاصفهاني الذي بحث كتاب المعالم في مؤلف يعادله بأكثر من عشر مرات . وأصبح هذان الكتابان من الكتب الدراسية في الجامعة النجفية ، ولم تكن حصيلة هذا الدور هذين الكتابين في مجال البحث الفقهي والأصولي فحسب . فهناك عدد كبير من الكتب التي وضعت في هذين المجالين لا يتسع المقام لذكرها . ثانيا - وفي هذا الدور برز نشاط فكري عميق ، ونتاج علمي قيم نذكر منه : في المنطق - ألف الملا عبد اللّه النجفي كتابا اسمه « الحاشية » وأصبح من الكتب الدراسية في الجامعة في علم المنطق . وقد طبع الكتاب عدة

--> ( 1 ) الشيخ جمال الدين ، أبو منصور الحسن بن زين الدين الشهيد الثاني ، أمره في العلم والفقه والتبحر والتحقيق اشهر من أن يذكر ، ولد 959 بجبع - لبنان ، تلمذ على يد جماعة من أهل الفضل والعلم ، وقصد النجف ، وتلمذ على المقدس الأردبيلي ، ثم عاد إلى جبع وتوفي فيها عام 1011 ه . ( الكنى والألقاب : 354 - 358 - 2 ) . ( 2 ) المعالم الجديدة : 76 .