ومن أعلام الفكر في الأزهر في العصر الفاطمي : المسبحي الكاتب والمؤرخ المشهور ( 366 - 420 ه ) ، وقد أخذ بقسط كبير من ثقافات عصره وعلومه . ومن كتبه : أخبار مصر ، وكتب أخرى مفقودة . وقد نشأ وتعلم في الأزهر وأفاد من علمائه . ومنهم كذلك أبو عبد اللّه القضاعي ( 390 - 454 ه ) الذي كان من أقطاب العلماء ، وتولى منصب القضاء وغيره من مهام الدولة في عهد المستنصر وأوفده الخليفة سفيرا إلى قيصرة القسطنطينية عام 447 ه / 1055 م للمفاوضة في عقد صلح بينهما . وله كتاب مفقود في تاريخ مصر بعنوان « المختار في ذكر الخطط والآثار » . ومنهم الحافظ السلفي ( 470 - 576 ه ) . وفي العصر الأيوبي عطلت صلاة الجمعة في الأزهر نحو مائة عام ، ولكن حلقات الدراسة بقيت مستمرة فيه ، وألغى درس الفقه الإسماعيلي ، ودرس فقه أهل السنة والمذاهب الفقهية الأخرى . وقام في حلقاته في هذا العصر وما بعده الآلاف من كبار الفقهاء والمفتين ، ونذكر منهم : - شيخ الإسلام الحافظ المنذري ( 581 - 660 ه ) . شيخ الإسلام عز الدين عبد السلام ( 577 - 660 ه ) . - قطب الدين القسطلاني ( 614 - 666 ه ) . شيخ الإسلام ابن دقيق العيد ( 625 - 702 ه ) . - الإمام الزيلعي 743 ه . - الإمام تقي الدين بن السبكي ( 683 - 756 ه ) . - الإمام البلقيني ( 724 - 805 ه ) مجدد المائة الثامنة .