النسخ الخطية للكتاب اعتمدت في تحقيقى لهذا الكتاب على نسختين مخطوطتين : أولا : نسخة مخطوطة محفوظة بمكتبة دار الكتب القومية المصرية تحت رقم ( 210 تصوف ) ميكروفيلم رقم ( 33542 ) . وهي نسخة كتبت بخط نسخ عادى ، ومعها رسالة أخرى بعنوان ( تحفة السفرة إلى حضرة البررة ) . احتل الكتاب الأول ( حدائق الحقائق ) الجزء الأكبر من المجموع من ( 1 - 88 ) وتحفة السفرة من ( 89 - 103 ) . وهذه النسخة مسطرتها 17 سطرا من 10 - 12 كلمة . يتميز الصفحة الأولى للكتاب خاتم دائرى به ( وقف يوسف اكاه ابن سليمان شاه سنة 1210 ) . تتغير المسطرة أحيانا لتصير 19 سطرا ونفس القلم ، ونهاية النسخة لم يسجل عليها اسم الناسخ ولا تاريخ النسخ ، انظر الصفحات المرفقة . ورمزت لها بالرمز ( د ) . ثانيا : النسخة الثانية ورمزت لها بالرمز ( ج ) . نسخة مكتبة جامعة القاهرة تحت رقم ( 20429 ) في 76 ورقة ضمن مجموع أيضا . على الورقة الأولى ( أ ) ديباجة الكتاب ، و ( ب ) فهرس بأبواب الكتاب ، والخط فيهما مختلف بأقلام مختلفة ، وكلاهما يختلف عن خط نسخ الكتاب ، وقد سجلت ديباجة أخرى بهامش الصفحة ( أ ) من مقدمة الكتاب بخط آخر أيضا مختلف ، مما يدل على تنقل الكتاب في عدة تملكات . والكتاب نسخ بخط فارسي مسطرته 17 سطرا ، من 12 - 14 كلمة في السطر الواحد ، تتضح فيه عناوين الأبواب بعض الشئ بخط أكبر قليلا من خط النسخ العادي . * أحيانا توجد هوامش مقابلة للنسخة ، وهوامش أخرى استدراك من المؤلف بنفس الخط ، وهوامش تفسيرية أحيانا . لم يسجل على نهاية الكتاب اسم الناسخ ولا اسم المؤلف ولا تاريخ النسخ ، وقد أوردنا بهامش نهاية الكتاب نهايات النسخ . وأرفقنا صورا فوتو غرافية لمخطوطات الكتاب ، انظرها .