مؤلفاته أولا : نود أن نشير إلى المخطوطات التي قمنا بتحقيقها في هذا العمل : 1 - كتاب القصد إلى اللّه « 1 » المخطوط مصور من معهد المخطوطات العربية برقم 715 مرتب أبجدي ، وهو صورة من مكتبة الحرم المكي الشريف ضمن مجموعة برقم 14 ، وتاريخ نسخها سنة 1106 بخط نسخ عادة . 2 - كتاب السر في أنفاس الصوفية الكتاب مصور عن نسخة مخطوطة في دار الكتب المصرية برقم تصوف 287 ، ميكرو فيلم رقم : 19239 . 3 - كتاب دواء الأرواح المخطوط له نسختان : الأولى في دار الكتب برقم 3 مجاميع ، ميكرو فيلم رقم : 4995 والثانية في معهد المخطوطات العربية ، ضمن رسائل في التوحيد والتصوف ، برقم 135 تصوف . 4 - كتاب دواء التفريط المخطوط في معهد المخطوطات العربية ، برقم 373 تصوف ، وبعض أجزائه موجودة في حلية الأولياء ، جزء ( 10 ) . 5 - كتاب أدب المفتقر إلى اللّه . وهو مصور عن معهد المخطوطات العربية برقم 134 توحيد . 6 - الفرق بين الإخلاص والصدق المخطوط ضمن رسائل في التوحيد والتصوف ، معهد المخطوطات العربية ، ميكرو فيلم رقم : 134 توحيد ، 227 تصوف ، 135 تصوف ، وللمخطوط نسخة

--> ( 1 ) كتاب « القصد إلى اللّه » ، دار حوله خلاف ، فيرى نيكلسوف في مجلة إسلامكا ، أن هذا الكتاب ليس من عمل الجنيد لأن فيه نص مؤرخ سنة 395 ه أي بعد وفاة الجنيد والواقع أن لغة الجنيد وإشاراته تتسق مع نهجه الصوفي مما يجعلنا نرجح أنه من المؤلفات الصحيحة النسب للجنيد ، وقد يكون الخطأ من الناسخ في ذكره التاريخ بعد وفاة الجنيد ! !