ودفن بالمعلى قريبا من خديجة أم المؤمنين ، عدها في " أمل الآمل " من جملة تصانيفه ( 1001 : الحاشية عليه ) للأمير رفيع الدين محمد بن حيدر الحسيني الطباطبائي ، النائني شيخ العلامة المجلسي والمحدث الحر ، وتلميذ الشيخ البهائي والمولى عبد الله التستري . توفى عن خمس وثمانين سنة في ( 1080 ) كما في السلافة ، أو ( 1082 ) كما في " الروضات " . وما في " الفيض القدسي " من أن وفاته كانت في ( 1099 ) من غلط الطبع جزما ، وان كان سيدنا الحسن حكم بصحته في " تكملة الامل " لان مؤلف " مناهج اليقين المعاصر للمولى خليل القزويني الذي توفى ( 1089 ) ينقل في مناهجه عن المولى خليل ويدعو له بسلمه الله وينقل عن الآقا رفيعا ويدعو له برحمه الله فيظهر ان الآقا رفيعا توفى قبل وفاة المولى خليل ، وقد ذكر السيد حسين بن الأمير إبراهيم بن الأمير معصوم القزويني الحسيني في خاتمة كتابه " معارج الاحكام " أن جده الأمير معصوم بن محمد فصيح ابن المير أولياء الحسيني التبريزي القزويني المتوفى فجأة ( 1091 ) كان من تلاميذ الأمير رفيع الدين محمد النائني وبعد قرائته " أصول الكافي " عليه كتب له بخطه إجازة مع الاطراء له ، قال وهو الذي جمع حواشي أستاذه على " أصول الكافي " في حياته وأنشأ له خطبة من نفسه ، وكذا كتب عليها حواشي من نفسه تأتى بعنوان الحاشية على التعليقات ، أولها ( الحمد لله خالق الأشياء ) وعناوينها ( قوله قوله ) رأيت النسخة التي وقفها السيد عباس الخرسان النجفي في ( 1269 ) وهي نسخة عصر المؤلف فرغ كاتبها ( 4 - ج 2 - 1074 ) ورأيت أيضا نسخة أخرى فرغ كاتبها ( 1080 ) وهي بخط السيد محمد باقر بن هداية الله الحسيني وعليها حواشي الشيخ على وغيره ، وعدة نسخ أخرى في ( سپه سالار ) وغيرها ، وأتم تلك النسخ وأكملها ما ينتهى إلى كتاب القرآن باب انا أنزلناه . ( 1002 : ( الحاشية عليه ) للشيخ محمد بن الشيخ قاسم المذكور في ( العدد 999 ) وأخ الشيخ إبراهيم المذكور وله أيضا حواش كثيرة بخطه على النسخة المذكورة . ( 1003 : الحاشية عليه ) للشيخ العالم نظام الدين بن أحمد الدشتكي ، نقل منها كذلك الميرزا فضل الله في " عين الغزال ص 11 " . ( كاشف الظلام في علم الكلام ) تأليف الميرزا حبيب الله الرشتي المتوفى ( 1312 ) يأتي