أثر البستان ، وتبدّلت حكومات ودول كثيرة في بلاد فارس ، حتّى جاء عهد الدولة الصفوية . وفي عهد الصفويّين اتّسعت مدينة شيراز حتّى وصلت البيوت إلى الأرض التي ضمت جسد السيّد علاء الدين ، فعند ما كانوا يحفرون فيها لوضع أساس للبناء ، عثروا على جثّة شابّ جميل كأنّه قتل من ساعته ، واضعا يده على قبضة سيفه والمصحف الكريم على صدره ، فعرفوا ممّا لديهم من العلائم والشواهد ، أنّه هو السيّد علاء الدين حسين بن الإمام موسى بن جعفر عليه السّلام - وقيل : إنّهم وجدوا اسمه مكتوبا على جلد المصحف الكريم - فدفنوه بعد الصلاة عليه في محلّه . وأمر حاكم شيراز أن يبنوا على قبره الشريف مكانا عاليا وبناء رفيعا ليتسع للمؤمنين والموالين الّذين يتوافدون لزيارته من كلّ صوب ومكان وبعد ذلك جاء رجل من المدينة المنوّرة - يدعى : الميرزا علي المدني - لزيارة مراقد السادة الشرفاء ، وكان ثريّا ومن الموالين لأهل البيت وذراريهم ، فقام بتوسيع البناء على مرقد السيّد علاء الدين ، وشيّد عليه قبّة جميلة ، واشترى أملاكا كثيرة فجعلها وقفا على ذلك المرقد الشريف ، وأمر بصرف وارداتها في شؤونه ، كما وأوصى بأن يدفن بعد موته في جوار السيّد علاء الدين ، فلمّا مات دفنوه هناك ، وقبره اليوم في تلك البقعة المباركة معروف ، وقد كتب عليه اسمه ، وهو : « ميرزا علي المدني » ولا يزال المؤمنون يزورونه ويقرءون له الفاتحة . ثمّ إنّه بعد ذلك أمر الملك إسماعيل الصفوي الثاني بتزيين ذاك البناء المشيّد وترميمه بأحسن وجه ، فنصبوا الكاشي والمرايا وزيّنوا الروضة المباركة بأفضل زينة ، وهو إلى الآن مزار عظيم ومشهد كريم ،