حكمت مشايى از هر فيلسوف محقق مشايى ، مباحث را محققانه‌تر تقرير مىنمايد و اگر گاهى اشاره يا تصريح به افكار خود نمىنمود ، در حكمت نظرى نيز بزرگترين حكيم مشايى محسوب مىشد . در شرح هدايه بر امتناع حركت در جوهر برهان اقامه نموده است ، اگر چه در طى بحث اشاره‌اى خفى به مسلك خود نيز نموده است ، ولى نظر او در اين شرح صرفا تحقيق آراى مشائيه اسلام است نه آن كه اين كتاب را قبل از اسفار نوشته باشد ، چون در اين كتاب ، تحقيق بعضى از مسائل را به اسفار و ديگر آثار خود ارجاع نموده است . و حقير معتقد است كه اكثر آثار خود را هم زمان تأليف مىنموده است و در مقام تقرير مباحث در همه آثار خود تجديد نظر مىنموده ، غير از چند رساله كه آخرين آثار او محسوب مىشود . آخوند ، در شرح هدايه در قسمت آخر كتاب ، مبحث معاد ، بعد از اشاره به حدوث نفوس به طريق مؤلف هدايه و شيخ رئيس و كيفيت تقدم عقول طولى بر نفوس ناطقه به احوال نفس در نشآت آخرت پرداخته و در تقريب امكان معاد جسمانى و وجوب اعتقاد به انواع و اقسام معاد از معاد جسمانى و حشر برزخى و عقلانى ، به وجوب اعتقاد به معاد جسمانى و عود ارواح به ابدان هنگام قيام قيامت تصريح نموده است . « و ممّا يجب أن يعلم قبل الخوض في تلك المقاصد ، أنّ المعاد على ضربين : ضرب لا يفي بوصفه و كنهه إلّا الوحي و الشريعة و هو الجسماني باعتبار البدن اللائق بالآخرة [ 1 ] و خيراته و شروره ، و العقل لا ينكره ، و ضرب يمكن تصحيحه من جهة النظر و القياس ، و الشرع لا ينكره بل ربما يشير إليه إشارات مقنعة و عبارات مشبعة تكفي لطالب الحق و اليقين ، و تهدي لمن شاء إلى صراط مستقيم ، كقوله تعالى : ( يا أَيَّتُهَا النَّفْسُ الْمُطْمَئِنَّةُ ، ارْجِعِي