و پدرش را به سامراء خواست و مدت ده سال در شهر سامراء ماندگار گرديد و به درجه اجتهاد نايل گشت و از نزديكان ميرزاى شيرازى شد و در امور سياسى مورد مشورت قرار مىگرفت . سيد محمد طباطبايى بنا به پيشنهاد ميرزاى شيرازى به تهران بازگشت و چون مردى وارسته بود از دولتيان كناره گرفت ولى براى آزاديخواهى سخن به ميان مىآورد و مىخواست مردم را آگاه و از ستم و اجحافى كه در حق آنان اعمال مىشد بكاهد تا جايى كه در ايران موضوع حكومت جمهورى را مطرح كرد ( حتى مظفر الدين شاه صريحا مىگفت سيد محمد خواستار حكومت جمهورى است . ) عده‌اى از وى رميدند و برعكس عده‌اى شيفته استفاده از محضر و بياناتش شدند و چون خيلى زاهد و پرهيزگار بود مخالفان نتوانستند به وى تهمتى بزنند . وى خواهان حكومت ملى و اجراى قانون و عدالت بود و به ثمر رساندن اين انديشه را وظيفه شرعى خود مىدانست . طباطبايى مدرسه اسلاميه را كه به شيوه جديد تدريس مىگرديد ، تأسيس كرد و برادرش سيد اسد الله طباطبايى را به رياست آن مدرسه گماشت و در جشن مدرسه در 29 شعبان 1323 شركت كرد و بيانات سودمندى در فوايد دانش و لزوم توسعه مدارس جديد ايراد كرد . پس از بازگشت مظفر الدين شاه از سفر سوم اروپا ، شعبان 1323 با بهبهانى در 25 رمضان همين سال هم‌پيمان شد و علنا به مبارزه سياسى پرداخت تا اينكه عده‌اى بازارى از مسيو نوز به وى شكايت بردند . طباطبايى مردم را تشجيع كرد كه زير بار ستم نروند . با تنبيه چند نفر تاجر قند به وسيله علاء الدوله ، طباطبايى ، بهبهانى ، افجه‌اى و شيخ محمد رضا قمى و دسته‌اى از بازاريان و طلاب به حضرت عبد العظيم رى رفته بست نشستند و ضمن پيشنهادهاى بازاريان طباطبايى تأسيس عدالتخانه را نيز عنوان كرد . با بروز حادثه حوادث مسجد جمعه و قتل و جرح عده‌اى طلبه و بازارى ، عده‌اى از علما از جمله سيد محمد طباطبايى با فرزندان خود به قم مهاجرت كرد . عده‌اى نيز در سفارت انگليس با دستور بهبهانى و موافقت سفارت متحصن شدند . با مهاجرت علما به قم موجى از نگرانى در سراسر ايران پديد آمد ، سرانجام عين الدوله عزل و عضد الملك به تهران احضار و مأمور بازگردانيدن علما با سلام و صلوات از قم گرديد . چون كار صدور و امضاى نظامنامه انتخابات از طرف شاه به تأخير افتاد بهبهانى به قصر صاحبقرانيه رفت و آن را از مظفر الدين شاه گرفته آورد ، تغييراتى در آن دادند و نظامنامه اصلاح شده به امضاى شاه رسيد و به همه ولايات فرستاده و در تهران در 22 رجب 1324 چراغانى برپا گرديد . در دوره اول انتخابات يهوديان وكالت خود را به سيد عبد الله بهبهانى و اقليت ارمنى وكالت خود را به سيد محمد طباطبايى تفويض كردند . پس از چندى محمد عليشاه به سيد محمد طباطبايى گفت از تهران خارج شود . سيد محمد چند ماه در شميران ماند و آن‌گاه با خانواده خود به مشهد رفت . در اين شهر مورد استقبال كم‌نظيرى قرار گرفت و طباطبايى در آنجا با كمك آقازاده خراسانى انجمن ايالتى را تشكيل داد و كميته با انجمن سعادت مشهد شروع به همكارى كرد . والى مشهد ركن الدوله كارهاى سيد را گزارش كرد ، مشير السلطنه ضمن تلگرافى طباطبايى را تهديد كرد ، اما سيد توجهى به تلگراف مشير السلطنه نكرد و با متانت به ارشاد و بيدار ساختن ذهن مردم مىكوشيد . چون تهران را مجاهدان قفقازى ،