مغولان گويا بنا به صلاحديد محمود يلواچ نقشه قتل تارابى را كشيدند و قرار شد به تاراب بروند و او را به بخارا دعوت كنند و « قرار نهادند كه وقتى به سر پل وزيدان رسيدند مغاقضة او را تيرباران كنند » . ولى گويا تارابى توسط عوامل خود از نقشه آنها آگاه شده بود . محمود تارابى پس از تسخير بخارا ، اعيان و اشراف شهر را جمع كرد . آنهايى را كه با او همراهى كرده بودند ، به مقامات بلند رسانيد . از جمله برهان الدين از خاندان برهانى و بقيه دودمان صدر جهانى را خلافت داد و شمس الدين محبوبى را صدارت بخشيد ؛ ولى آبروى اكثر اعيان و اشراف را برد ؛ بعضى را كشت و برخى نيز گريختند . در اين ايام يكى از ياران او از شيراز اسلحه به اين شهر آورد و پيروان وى را مسلح كرد . حاكميت مردم تحقق يافت و روز جمعه به نام تارابى خطبه خواندند . تارابى دستور داد تا خانه‌هاى ثروتمندان و صاحبان اموال را كه دست‌دردست مغول داشتند و با او مخالفت مىكردند ، تاراج و غنايم را در بين مردم تقسيم كنند . اين عمل وى باعث جدايى خواهرش از وى شد ؛ زيرا خواهرش با اين مسائل مخالف بود . اعيان و اشرافى كه فرار كرده بودند در بيرون شهر بخارا ، در جايى به نام كرمينيه گرد آمدند و مغولان فرارى را نيز گردآوردند و تصميم گرفتند كه براى مبارزه با تارابى آماده شوند . آنها تداركات لازم را نيز مهيا كردند . تارابى با اطلاع يافتن از اين موضوع همراه پيروان خود آماده جنگ شد . خود تارابى و شمس الدين محبوبى در رأس پيروان قرار گرفتند و براى تهييج و تحريك آنها از سلاح و جوشن استفاده نكردند تا بدين قرار بر ايمان پيروان خود نسبت به خويش بيفزايند . لشكر تارابى پس از فرار مغولان به دنبال آنها روان شدند و روستاييان نيز از روستاهاى خويش به‌در آمدند و با بيل و تبر به جان مغول جماعت افتادند و خصوصا ماليات‌بگيران و مأموران ( عمال و متصرفان ) آنها را كشتند و قريب به ده هزار نفر را به قتل رسانيدند . پيروان تارابى وقتى كه از ميدان جنگ بازگشتند و او را نيافتند گفتند : خواجه غيبت كرده است و تا ظهور او دو برادر او محمد و على قائم مقام او باشند . از اين مطالب چنين برمىآيد كه تارابى و ياران او اهل تشيع بوده‌اند و يا اينكه به‌هرحال گوشه چشمى به تشيع داشته‌اند . مسئله غيبت و مهدويت يكى از اركان اصلى تشيع به شمار مىرود ؛ از آنجايى كه تارابى « اهل خرقه » هم بوده است در اين ايام عرفا بيشتر اهل تشيع بودند . از سوى ديگر تشيع به دليل ويژگيهاى خاص خود از همان صدر اسلام مردم را عليه ستم و جباريت بسيج مىكرده است . محمد و على در رأس قيام قرار گرفتند و پيروان تارابى مطيع آنها شدند و بخارا از آن مردم شد . چيزى نگذشت كه از سوى هيئت حاكمه مغول دو نفر به نامهاى ايلدزنويان و چكين قورچى با لشكرى آراسته به جنگ با مردم بخارا راهى شدند . محمد و على همانند برادر خويش بىسلاح در مقابل دشمن صف آراستند . نتيجه جنگ معلوم بود . مردم بىسلاح و بىدفاع در مقابل لشكرى آراسته قرار گرفته بودند . قيام كنندگان شكست خوردند و قريب به بيست هزار نفر از آنها به قتل رسيدند . مغولان مردم را در بيرون شهر گردآوردند تا انتقامى سخت از بازماندگان بگيرند و اموال و اولاد آنها را تاراج كنند ؛ ولى محمود يلواچ از اين كشتار جلوگيرى كرد و به دشوارى تمام مغولان را متقاعد كرد كه دست از كشتار بردارند و مردم را به حال خود واگذارند . ليكن كار بدانجا كشيد كه قتل مردم را موكول به دستور اوكتاىقاآن كردند و او هم رسولان محمود