پدرش سلطان محمد فاتح چون درگذشت ، محمد پاشا صدراعظم به بهانه جلوگيرى از فتنه و آشوب مخفيانه جنازه فاتح را به استانبول آورد ، امّا ينى چريان از موضوع باخبر شده بلافاصله به استانبول آمده سراى صدر اعظم را غارت كردند و خود وى را نيز به قتل رساندند . در پى اين حادثه ، استانبول دستخوش آشوب گشت و خانه‌هاى ثروتمندان و يهوديان تاراج شد . اسحاق پاشا ، محافظ استانبول ، بلافاصله شورش را به هر نحوى كه بود سركوب كرد و سلطان قورقود ، پسر سلطان بايزيد ، تا ورود سلطان بايزيد به استانبول قائم مقام دولت شد . بايزيد پس از 9 روز از طريق اسكودار به استانبول آمد . سران ينى چريان به استقبال سلطان شتافتند و ضمن عذرخواهى درخواست پاداش كردند . سلطان به ملاحظاتى چند با درخواست آنان موافقت نمود و در هفدهم ربيع الاول 886 ه . ق بر تخت سلطنت نشست . پس از مراسم تدفين سلطان محمد فاتح ، اسحاق پادشاه به صدر اعظمى انتخاب شد امّا چون خبر مرگ سلطان محمد به سلطان جم كه مدّعى تاج و تخت بود رسيد ، سر به شورش برداشت و با سپاه خود به سوى بروسا روانه شد . سلطان بايزيد سپاهى تحت فرماندهى اياس پاشا براى مقابلهء جم فرستاد . در اين جنگ شكست بر سپاه بايزيد افتاد و جم وارد بروسا شد و مورد استقبال اهالى شهر قرار گرفت . سلطان جم پس از اين فتح سكّه به نام خود زد و پيامى توسط عمّهء خود سلجوق خاتون ، به سلطان بايزيد فرستاد مبنى بر اينكه ، نواحى روم ايلى در اختيار بايزيد باشد و بخش آسياى صغير در يد قدرت وى قرار گيرد . امّا اين پيشنهاد بلافاصله از طرف سلطان بايزيد رد شد . بايزيد با تطميع سرداران جم به دفع وى پرداخت . اين بار جم شكست خورده به قونيه عقب‌نشينى كرد و از آنجا به همراهى خانواده خود از طريق طرسوس و حلب و شام به مصر رفته و به سلطان قايتباى پناهنده شد و ، بدين ترتيب ، عصيان جم سركوب و سلطان بايزيد مقتدرانه به حكومت پرداخت . دوران حكومت بايزيد مصادف با خروج شاه اسماعيل و تشكيل دولت صفوى بود . گزارشگران و جاسوسان دولت عثمانى فتوحات برق‌آساى شاه اسماعيل را به اطلاع دولت عثمانى مىرسانند و دولت عثمانى نيز اوضاع منطقه را به دقّت زير نظر داشت . زمانى كه اطلاع داده شد كه شاه اسماعيل با سپاهيان خود به حدود ارزنجان وارد شده‌اند سلطان بايزيد براى جلوگيرى از ورود هرگونه خسارت به بلاد و متصرّفات عثمانى ، دستور داد كه