مدرسه و خانقاه سلطان شاهرخ ميرزا ، اين مدرسه و خانقاه را سلطان شاهرخ ميرزا در شهر هرات در محل موسوم به « تحت القلعه » بنياد كرد ، و بناء آن از سنگ مرمر بوده ، و مناره‌هاى خانقاه بازر و لاجورد زينت يافته بود ، درين مدرسه و خانقاه كتابخانه بزرگى مشتمل بر انواع نفايس كتب و رسائل فقه و اصول ، حكمت و آداب و غيره ايجاد گرديده ، و چهار تن از دانشمندان و استادان نامدار دار العلم هرات در چهار صفهء آن بافاده و تدريس اشتغال داشته ، و گروه انبوهى از دانشجويان و طلاب علوم معقول و منقول و پويندگان و سالكان طريق حقيقت و عرفان در اين كانون علم و ادب و معارف ملكوتى باكتساب فضائل صورى و معنوى مشغول بوده‌اند . و موقوفات بسيارى بر اين دو بقعهء شريفه وقف كرده بوده است . از جمله مدرسين مشهور اين مدرسه در سال 813 ه . مولانا جلال الدين اوبهى ، مولانا جلال الدين يوسف حلاج ، نظام الدين عبد الرحيم ، و مولانا خواجه ناصر الدين لطف اللّه ميباشند . و منصب شيخى خانقاه مذكور بشيخ الاسلام خواجه علاء الدين على چشتى و پس از او در خاندان او واگذار بوده است ، اين كانون دانش و پرورش ظاهرى و معنوى تا سال 874 در كمال معمورى و آبادانى دائر بوده و در اين ايام ( سال 874 ) منصب شيخى خانقاه بمولانا عبد الرزاق سمرقندى صاحب مجمع البحرين و مطلع السعدين واگذار بوده است . اينها مدارسى بوده كه در اطراف مسجد جامع هرات بنا شده است . و از ساير مدارس داخل شهر : مدرسه سبز برايان ، مدرسه سر مزار سادات ، مدرسه و خانقاه امير فيروز شاه ، مدرسه سر پل انجيل ، مدرسه بديعيه ،