بعد از صفويه و پس از واقعه افغان و سلطنت نادرى و زنديه و قاجار كه پايتخت بشيراز و بعد بتهران تبديل شده اصفهان رو به خرابى ميگذارد ولى اقتدار روحانيتش تا مدت مديد باقى است تا اينكه بوجود حاج سيد محمد باقر رشتى و حاج محمد ابراهيم كلباسى كه در ايام سلطنت فتحعليشاه قاجار رئيس روحانيون ايران بوده‌اند خاتمت مييابد در آن ايام حاج شيخ مرتضى انصارى شوشترى در اصفهان خود را براى رياست تامهء روحانى حاضر مىكند و هم در بعضى از شهرهاى ديگر ايران مانند كاشان ، بروجرد و غيره براى استفاده نمودن از رؤساى بزرگ روحانى كه در آنجاها اقامت دارند مدتى توقف مينمايد و بالاخره از ايران مهاجرت نموده بعراق عرب رفته در نجف اقامت ميگزيند . تا آنوقت عراق عرب مرجع طلاب ايرانى نبوده فقط بزرگان از روحانيون شيعه مذهب عرب در آن مكانهاى شريف اقامت داشته‌اند و براى طلاب شيعه‌مذهب عرب مركزيت داشته است . شيخ انصارى در نجف ترقى مىكند و در مقابل فقاهت سرشار علماى عرب كه رئيس آنها شيخ محمد حسن صاحب كتاب جواهر الكلام ( جواهر الكلام مهمتر كتاب مذهبى شيعه است كه در قرنهاى اخير نوشته شده ) تدريس اصول فقه را پيش گرفته از اين راه كه عربها بسيار كم پيموده‌اند خود را ممتاز ميسازد و مقام علمى او را رونق ميدهد سادگى فوق العاده‌ئى كه در معيشت دارد و زهد و تقوائى كه به حد وافر داراست . بالجمله برهم خوردن مركزيت اصفهان از يك طرف و آوازهء ترقى شيخ انصارى در نجف از طرف ديگر به زمان كمى نجف را مركز روحانيون عجم و مرجع روحانى ايرانيان هم مينمايد . طلاب ايرانى از اطراف ايران بدانجا هجرت كرده حوزه درس و رياست روحانى شيخ انصارى رونقى كامل ميگيرد خصوصا بعد از رحلت رؤساى بزرگ مانند صاحب جواهر و صاحب ضوابط و صاحب فصول و غيره شيخ انصارى در طريقه خود از مؤسسين شمرده مىشود و تأليفات او تجديد مطلعى در علوم مذهبى شيعه نموده به حدى رونق مييابد كه دايرهء آوازه فقاهت فقهاى عرب را محدود ميسازد و بالاخره رياست تامهء مذهب