در ايّام خانى احمد خان برادرزادهء شمس الملك كه جوانى ستم‌پيشه و متعدّى بود جماعتى از روحانيّون ماوراء النّهر از دست او بملكشاه شكايت بردند و سلطان را در سال 482 بضبط بلاد احمد خان دعوت كردند . ملكشاه با خواجه نظام الملك از اصفهان بخراسان آمد و پس از جمع سپاهى بماوراء النّهر حمله برد ابتدا بخارا را مسخر ساخت سپس بمحاصرهء سمرقند پرداخت و اندكى بعد آن شهر را گرفت و بر احمد خان دست يافت و او را باسيرى با خود نگاه داشت و پس از سپردن سمرقند بيكى از گماشتگان خويش شهر اوزجند را نيز مسخر كرد و امير خانى كاشغر به خدمت سلطان آمد و قبول كرد كه خطبه و سكّه را در حوزهء حكومتى خود بنام سلطان مزيّن سازد . در همين سفر مشهور ملكشاه بماوراء النّهر و كاشغر بود كه خواجه نظام الملك براى نماياندن وسعت ممالك سلجوقى اولا اجرت ملّاحان جيحون را بر خراج انطاكيه نوشت ثانيا فرستادهء امپراطور روم شرقى را كه از پس از فتح ملازگرد ساليانه خراجى بسلاطين سلجوقى ميداد و براى اداى اين دين باصفهان آمده بود با خود بحدود كاشغر آورد تا در آنجا خراج مقرّر را بپردازد و مردم بگويند كه امپراطور روم خراج ساليانه را در حدود كاشغر بسلطان سلجوقى تسليم نموده است . در مراجعت ملكشاه بخراسان تركان چگلى كه در خدمت ملكشاه ميزيستند و برياست عين الدّوله در سمرقند مانده بودند بعلّت نرسيدن وظيفهء خود شوريدند و امير خانى فرغانه يعقوب تكين را كه برادر خان كاشغر بود بسمرقند دعوت نمودند يعقوب تكين بسمرقند آمد و عين الدّوله را كشت و خود بر آن شهر مستولى شد . ملكشاه پس از شنيدن اين اخبار بعجله از خراسان بماوراء النّهر برگشت و چون ببخارا رسيد يعقوب تكين از سمرقند گريخت و سپاهيانش او را ترك گفتند و او بناچار بپناه برادر خود امير كاشغر رفت . سلطان امير كاشغر را بتسليم يعقوب تكين امر داد و گفت كه اگر اين امر را اطاعت نكند بكاشغر خواهد تاخت . خان كاشغر برادر را روانهء خدمت سلطان كرد ليكن مأمورين چون در راه شنيدند كه خان كاشغر بدست يكى از ياغيان اسير شده يعقوب تكين را رها نمودند و ملكشاه صلاح خود را در اين ديد كه از