انتظام و ادارهء امور لياقت فوق‌العاده‌اى بروز داد ، تا اين حد كه مردم او را به انوشيروان برابر مينمودند . در سال 40 هجرى ( 660 ) حضرت با معاويه صلح نمود و چنين به نظر ميآمد كه پس از اين ، مصائب و زحمات وى كليتا خاتمه پيدا كرد . شهادت وى 40 هجرى ( 661 ) وقتى كه خوارج ديدند كه اصول مذهبى خود را با سرنيزه نمىتوانند به مردم تحميل كنند مأيوس شده ناچار سه نفر از ميان آنها به ملاحظهء اوضاع پريشان حاضرهء خود باهم همقسم شدند كه سه تن از رؤساى بزرك اسلام را كه عبارت از على ( ع ) ، معاويه و عمرو باشند در خفيه بقتل برسانند ، ولى روزى را كه براى انجام اين مهم تعيين كرده بودند عمروعاص بواسطهء عدم حضور جان دربرد . معاويه زخم برداشت ولى كارى نبود . اما ضربتى كه به على رسيد كارگر شده و از اثر آن دار فانى را وداع نمود . حضرت بر اثر همت و جوانمردى كه فطرى وى بوده وصيت كرد كه اگر بر اثر ضربت وارده از دنيا رفت بايد قاتلش را به همان يك ضربت قصاص كنند و از شكنجه و آزار او پرهيز نمايند ، غرض پس از انجام وصاياى لازمه اين خليفهء كم‌طالع دار فانى را وداع و حكومت روحانى اسلام هم با فوت او خاتمه پيدا نمود . خصائل و صفات على بن ابيطالب او از ميان خلفا به شرافت و بزرگوارى نفس مشهور و بغايت مراقب حال زيردستان خود بود . القاآت رسل و نماينده‌ها در او تأثيرى نداشت و بهدايات آنان ترتيب اثر نميداد . با حريف مكار و غدار خود معاويه ابدا طرف نسبت نبود كه براى رسيدن بمقصودى كه داشت سخت‌ترين جنايات را مرتكب شده و رذل‌ترين وسائل را براى پيشرفت خودش بر ميانگيخت . در عين‌حال فوق‌العاده دقيق و سختگير بود . حالت توقف و ترديدى كه در نهاد وى بود بعضى مواقع او را به استبداد راى معرفى مينمود دقت و مراقبت‌هاى خيلى سخت او در امانت و ديانت باعث شده بود كه اعراب حريص كه تمام امپراطورى را غارت كرده بودند از وى ناراضى باشند ، ليكن صداقت و صحت عمل و درستى كامل ، رياضت و عبادت