سير تفكر و انديشه‌هاى علمى و فلسفى پس از حمله مغول سير تفكر و انديشه‌هاى علمى و فلسفى قبل از حملهء ويرانگر و خانمانسوز مغول راه افول مىسپرد . در دوران حكومت خوارزمشاهيان به علت سوء تدبير سلاطين اين سلسله و سياست غلط خلفاى عباسى و نبودن سياستمداران عاقل و مآل‌انديش ، موجبات حملهء مغول و ويرانى شهرها فراهم گرديد و به علت آماده نبودن محيط اجتماعى و فقدان امنيت و آرامش ، چراغ فلسفه و تفكر علمى و منطقى رو به خاموشى رفت . پس از استقرار حكومت تيموريان و صفويان ، درنتيجهء رواج استبداد مطلق و تعصب جاهلانه ، مجالى براى رشد افكار علمى و فلسفى فراهم نگرديد و در طى هفت ، هشت قرن اخير ، هرگز مردانى چون زكرياى رازى ، بوعلى و بيرونى در ميدان علم و دانش قدم نگذاشتند . چنان كه گفتيم از قرن دوم هجرى به بعد زكرياى رازى ، ابو العلاى معّرى ، ابن ابى العوجا ، ابن راوندى و عده‌يى ديگر عليه دين و پيامبران و مقدسات مذهبى كتابها نوشتند و سخنها گفتند و كسى از خلفا و زمامداران و روحانيون و توده مردم متعرض جان و مال آنها نشد ، درحالىكه در قرون بعد مخصوصا پس از استقرار حكومت صفويه اگر كسى جمله‌يى از گفته‌هاى ماديون و زنادقه را نقل مىكرد جان و مال او در معرض خطر بود . تكفير دانشمندان نويسندهء گمنام بحر الفوايد ، كه ظاهرا از متشرّعين بنام نيمهء اول قرن ششم هجرى است ، در صفحهء 217 كتاب خود « در بيان كتابها ، كه نشايد خواندن و دانستن ، و نبشتن آن حرام است » چنين مىگويد : « كتاب اخوان الصفا زندقت است و طعن بر مسلمانى است نشايد خواندن و نشايد دانستن ببايد سوختن ، هفت ملحد در بصره جمع شدند و آن كتاب بنهادند و نام خود بپوشيدند .