على رغم ميل باطنى شاه ، در نتيجه مساعى ملكم ، بعضى از رجال ترقيخواه ايران مانند ميرزا على خان امين الدوله و ميرزا يحيى خان مشير الدوله برادر سپهسالار و ميرزا محسن خان مشير الدوله ، و از روحانيان بزرگ حاجى شيخ هادى نجم‌آبادى و جمعى از ديوانيان و شاهزادگان و فارغ التحصيلان دار الفنون و شاگردان فرنگ رفته ، با وى همآواز شده بودند . هدف آنان قبول مظاهر گوناگون تمدن غرب و استقرار حكومت قانون در ايران بود ، طبيعى است شاه مستبد و درباريان فاسد او با اشاعهء اين افكار موافق نبودند و ملكم و همفكران او را « جمهوريخواه » مىخواندند . « مشهور است كه وزير مختار روس ، مقيم تهران ، شرح تأسيس فراموشخانه و اعمال آن را به پترسبورگ ( پترزبورگ ) گزارش داد ، الكساندر دوم امپراتور روس در نامهء خود به ناصر الدّين شاه نوشت : « انجمن سرّى بر ضد تو و من و برهم زدنش صلاح هر دو مملكت است . . . » « 1 » ملكم معتقد بود كه براى آشنا كردن مردم با حقايق علمى و قطع ريشهء اوهام و خرافات بايد روشى عاقلانه در پيش گرفت بر اساس اين فكر به آخوندزاده پيشنهاد مىكند كه در مورد « . . . ساكنين ممالك عثمانيه و ايران و قفقاز كه پيرو يكى از اديان سه‌گانهء اسلام و نصرانيّت و يهود هستند ، نبايد ارشاد را از انتقاد دين شروع كرد . « تو ميرزا فتحعلى ، به دين هيچيك از ايشان نبايد بچسبى و نبايد به ايشان بگويى كه اعتقاد شما باطل است و شما در ضلالت هستيد . . . تو بدين شيوهء ناملايم ، براى خود هزار قسم مدّعى و بدگوخواهى تراشيد و به مقصود خود هم نخواهى رسيد ، هركس از ايشان از روى لجاجت و عناد حرف تو را بيهوده و دلايل تو را پوچ خواهد شمرد و زحمت تو عبث و بى جا خواهد شد ، چرا به دين ايشان مىچسبى ؟ تو دين ايشان را كنار بگذار و دربارهء بطلان آن هيچ حرف مزن ، ارشاد را چنين آغاز كن : در تواريخ گذشته ، آغاز آفرينش جهان را هفت هزار سال دانسته‌اند ، در حالى كه دلايل قطعى و علمى امروز ثابت كرده كه از عمر زمين ميليونها سال مىگذرد و قبل از دين موسى و عيسى ، اديان مختلف ديگرى در اين جهان رواج داشته و تمدن بشرى با اديان اهل كتاب آغاز شده است ؛ قبل از آنان ، اديان متعدد باطله در دنيا ظهور داشته است ، از قبيل دين بت‌پرستى و آتش‌پرستى و برهمنى و از كثرت خدايان يونانيان . . . عقل انسانى متحيّر است كه آيا به چه سبب خداوند عالم ، آن نوع اديان باطله را چندين هزار سال قبل از ظهور اديان ثلاثه صحيحه پايدار و برقرار گذاشته است ، حكم عقل آن است كه خداوند در ظهور بقاى آن اديان باطله ، مداخله‌يى نداشته ، بلكه همهء آنها را مردمان زيرك و رياست‌طلب به جهت نيل به مقاصد خودشان احداث نموده‌اند . »

--> ( 1 ) . از صبا تا نيما ، تأليف يحيى آرين‌پور ، ج 1 ، ص 315 .