آنكه با حسن تدبير و كاردانى مردم قم و عراق را از چنگ افاغنه و ازبكان خلاص نمود ، عده‌اى از بزرگان عراق ، از وى خواستند كه به تخت سلطنت جلوس كند . شاهرخ كه مانند عادلشاه ( عليشاه ) از موقعيت اجتماعى سيد محمد باخبر بود ، تصميم گرفت با نيرنگ و فريب او را به مشهد فراخواند . پس نامه‌اى تضرع‌آميز به وى نوشت و ضمن آن گفت : « من طفل يتيمم . . . خود را از غلامان مىدانم . . . متوقع چنين است كه به استعجال تمام تشريف‌فرماى اين صوب گرديده . . . بر سر اين يتيم بيكس سايه گسترده ، در سلك فرزندان و غلامان خود منسلك فرموده ، به هر نحوى كه مناسب حال دانند انتظام امور فرموده اين بيكس را از دست اين جماعت اجامر و اوباش خراسان استخلاص دهند . » سيد محمد كه از سوءنيت شاهرخ بى خبر بود ، راه خراسان پيش گرفت و از بيراهه وارد مشهد شد . شاهرخ كه قبلا كسى را براى كشتن سيد به خارج فرستاده بود ، همين كه از ورود سيد به مشهد باخبر گرديد ، به استقبال او شتافت و وى را به مقر سلطنت دعوت كرد و مىخواست او را بكشد ولى سيد به فراست دريافت و از هواخواهان خود استمداد كرد . بسيارى از رجال دربار شاهرخ كه از سوءنيت او بى خبر بودند ، براى دعوت سيد به پادشاهى نزد وى رفتند . ابتدا او پنداشت كه براى كشتنش آمده‌اند ، ولى پس از آنكه امرا سوگند خوردند و حاضر شدند بدون اسلحه براى مذاكره به محضرش بار يابند سيد پذيرفت . سلطنت اجبارى پس از مذاكرات طولانى ، سيد را با اصرار تمام سوار اسب كردند و به قصر شاهى بردند . شاهرخ از بيم آنكه مبادا امرا يكى از فرزندان عليشاه را به سلطنت بردارند ، دستور خفه كردن فرزندان او را صادر كرد ، ولى اطرافيان سيد دو نفر از آنها را از مرگ حتمى نجات دادند و مىخواستند شاهرخ را بكشند ولى سيد نگذاشت . بالاخره پس از تمهيد مقدمات ، جشنى مفصل برپا شد و سيد محمد كمر مرصع بر كمر بست و « تاج طومار » بر فرق نهاد و به عنوان شاه سليمان ثانى رجال و اطرافيان خود را معين كرد « و طى فرمانى اعلام گرديد كه سلطان صفوى نسب تا سه سال مال وجهات ( ماليات نقدى و جنسى ) را به مردم ايران بخشيده و قرار شد كه مواجب و سيورسات سپاه از محل فروش طلا و نقره و جواهرات . . . » تأمين شود . شاه سليمان پس از تنظيم امور داخلى ، هرات را به تصرف درآورد . در خلال اين احوال به وى خبر دادند كه يكى از امرا شاهرخ را كور كرده است . شاه از اين خبر سخت خشمگين شد و به رجال دولت پيغام فرستاد كه « من داعيهء سلطنت نداشتم و بر اثر اصرار شما و مهر كردن پيمان و ميثاق بود كه متقبل امر سلطنت شدم و يكى از شروط ، اذيت نرسانيدن به شاهرخ ميرزا بود . اكنون ديگر اعتمادى بر عهدوپيمان شما نيست ، بهتر آن است كه بگذاريد « در زمرهء فراشان درگاه ملايك سپاه ، على بن موسى الرضا درآيم . » زيرا با اين نافرمانيها سلطنت را ديگر ارزشى نمانده است . سران سپاه و امرا رو به خانهء سيد نهاده سروپاى برهنه شمشيرها در گردن انداخته به صورت گنهكاران نزد او رفتند و اظهار بندگى و اطاعت كردند كه شاهرخ در قصر پادشاه بود و اگر كور نمىشد ايجاد مفسده مىنمود و ما بدانچه حكم شود فرمانبرداريم . بالاخره سيد بار ديگر بر اثر اصرار امرا به قبول سلطنت تن داد . پيشبينى امرا درست بود . عمال و دوستداران شاهرخ يك روز از تنهايى