به ادعاى حكومت بندرعباس و جزيره‌ى قشم برخاست و با چند كشتى جنگى به بندرعباس حمله برد و پادگان ايرانى آن بندر را كه عده‌ى آنان به واسطه‌ى بدى آب و هوا و شيوع بيمارى بسيار كم شده بود ، از بندر خارج نمود . مؤيد الدوله حكمران فارس فرزند خود ، عبد الباقى ميرزا را با عبد اللّه خان قراگزلو ( صارم الدوله ) و سربازان همدانى به بندرعباس فرستاد و پس از زد و خورد شديدى كه در ربيع الاول سال 1271 قمرى بين سپاه ايران و اتباع صعيد درگرفت . اتباع امام در قلعه‌ى شهر كه از بناهاى هلندىها باشد متحصن شدند و شهر به تصرف سپاه ايران درآمد اندكى بعد بر اثر حملات شديد سپاهيان به قلعه ، پيروان امام از پايدارى عاجز ماندند ، عده‌اى به هلاكت رسيدند و بقيه همراه خود امام به سواحل عمان مقابل هرمز گريختند . امام از آنجا نامه‌اى با تحف و هدايا به فارس فرستاد و با ميانجىگرى فرمانفرماى فارس و عده‌اى از درباريان و فشار انگلستان ، فرمان حكومت بندرعباس و جزاير قشم و هرمز و نواحى شميل و ميناب و بندر خمير را براى مدت 20 سال به نام خود و اولاد خويش از ناصر الدين شاه گرفت . در آن فرمان كه در 16 فقره نوشته شد ، امام مسقط ملزم گرديد كه سالانه شانزده هزار تومان بابت خراج و ماليات و پيشكش به دولت ايران بپردازد و هميشه خود را رعيت و دست‌نشانده‌ى ايران بداند ( 20 شعبان 1272 قمرى ) . ناصر الدين شاه در فرمانى كه براى انتصاب سيد سعيد خان به حكومت مسقط و بندر عباس تدوين شده بود ، دولت فرانسه را ضامن اجراى شرايط فرمان و ادامه‌ى تابعيت امام نسبت به حكومت مركزى ايران قرار داد و در اين باب قبلا با نمايندگان سياسى فرانسه در تهران مذاكره كرده بود . پسر امام اين ضمانت را كه شرط هفدهم فرمان حكومت بود ، نپذيرفت و شركت دادن يك كشور بيگانه را در امور داخلى ايران ، بر خلاف مصلحت و منافى با شئون سلطنت دانست و به حاجى عبد المحمد كه براى مذاكره درباره‌ى شرايط فرمان به جزيره‌ى قشم ( مقر سيد ثوينى ) رفته بود ، اظهار داشت كه « هميشه مسقط و بندرعباس و ديگر اراضى سواحل بحر ( خليج ) مقهور اين دولت ( ايران ) بود و از ممالك ايران به شمار آمده و امروز منت خداى را كه دولت ايران را قوتى به كمال است ، چندان‌كه به ممالك بيگانه دست توانند يافت ، چه واجب است كه از دولت بيگانه ضامن طلب كنند و برهانى بر ضعف خويش اقامه فرمايند » . حاجى عبد المحمد حذف ماده‌ى هفدهم را از شرايط فرمان پذيرفت و متن شرايط شانزده‌گانه را به امضاى سيد ثوبتى و سيد محمد بن السالم رسانيد . خلاصه‌ى شرايط مندرج در فرمان از اين قرار بود : 1 - حاكم بندرعباس هميشه تابع دولت ايران و در اطاعت فرمانفرماى فارس خواهد بود . 2 - سالى شانزده هزار تومان بابت ماليات و پيشكش و تعارف به اين شرح بپردازد :