بقدر الوسع والطاقة في مجالس آخرها يوم الثلاثاء السادس من شهر محرّم الحرام من شهور سنة ( 1086 ) ستّ وثمانين بعد الألف ، الحمد للَّه‌رب العالمين والصلاة على محمّد وآله أجمعين ، كتب هذا العبد ( المهدى من هديت ) . وامتازت هذه النسخة بكثرة الحواشي ، منها حواشي المصنّف على الكتاب برمز « منه » ، « منه دام ظلّه » ، « سمع منه » . وحواشي من الوافي وحواشي من ميرزا رفيعا النائيني ومحمّد أمين الأسترآبادي وحاجى حسين النيشابوري والشيخ علي ( ويحتمل أنّها لعليّ بن محمّد بن الحسن بن زين الدين العاملي المعروف بالشيخ علي الكبير ، صاحب الدرّ المنظوم ) وحواشي من كاتب النسخة ، المسمّى ب « مهدى » ، قد يكون هو محمّد مهدي بن علي أصغر القزويني المعاصر للحرّ العاملي صاحب الوسائل ، وهو من تلامذة الخليل القزويني . وأيضاً في هذه النسخة بعض المطالب في شرح الشافي أو في شرح بعض فقرات من أحاديث الكافي بهذه الرموز : « م ح ق » ، « م د » ، « أم ن » ، « ع » . وترجمة بعض اللغات من كتب اللغة ، وأيضاً بعض المطالب بلا رمز والاسم . وتقع هذه النسخة في ( 617 ) صفحة ، وفي كلّ صفحة ( 24 ) سطراً . ورمزنا لها ب « أ » . 2 . مكتبة آية اللَّه المرعشي رحمه الله بقم ، برقم 6002 و 6003 ، الرقم الأوّل يحتوي من أوّل الشرح إلى نهاية كتاب العقل ، والرقم الثاني يحتوي على شرحه كتاب التوحيد . ناسخها مجهول ولكن قابلها رفيع الحسيني الطالقاني في سنة 1093 ق وكتب في نهاية شرح كتاب العقل هكذا : قوبل وصحّح مع نسخة مرّ عليها الشارح مراراً وفي هوامشها خطّه رحمه الله في مجالس آخرها عصر يوم الأربعاء أواسط شهر ذي قعدة الحرام سنة 1093 على يدي العبد الجاني رفيع الحسيني الطالقاني . وكتب في نهاية شرح كتاب التوحيد : قوبل وصحّح بقدر الجهد والطاقة إلّاما زاغ عنه البصر وحسر عنه النظر مع امّ النسخ ، نسخة مرّ عليها الشارح مراراً وفي هوامشها خطّه الشريف في مجالس آخرها قبل زوال يوم الثلاثاء من شهر صفر 1094 .