به مقصد بغداد ترك و در سال 1270 به بغداد رسيد ، والى بغداد مقدمش را گرامى داشت و اصحاب فضل و دانش ضمن گرامىداشت ورود او ، از خرمن دانشش خوشه‌ها چيدند ، بعد از آن متوجه دار الخلافه عليّه - الاستانه شد و طريق خود را از راه موصل و ديار بكر و اورفه و حلب برگزيد و مدت طولانى در آن ديار مكث نمود ( بيش از 3 سال ) تا اينكه بسوى قونيه عازم و 3 سال و 6 ماه در ( قونيه ) زيست كرد . در طول مدتى كه در قونيه اقامت داشت ، شخصا باستنساخ « فتوحات مكيه - فصوص النصوص - از نسخه‌هاى خطى « محى الدين عربى حاتمى » پرداخت ، اين كتب خطى در « دار اكتب الكائنه » ، واقع در مقبره « شيخ صدر الدين قونوى » در اختيار شيخ قرار گرفت ، حركت شيخ به مقصد « بيت الحرام » در ماه ذى الحجه سال 1277 به مقصد دار الخلافه از قونيه خارج شد و مورد احترام و تكريم « سلطان عبد العزيز » قرار گرفت و چون قصد زيارت « بيت الحرام » را داشت ، از جانب « سلطان عبد العزيز » به سمت « شيخ » تكيه شيخ مراد بخارى تعيين شد ، ( واقع در خارج باب ادرنه ) او قبول كرد و بوظايف خود قيام نمود و بنشر « تفسير و حديث » پرداخت مع الوصف در اين خلال مشغول تأليف بود ، ولى با تأسف بايد گفت به جز 3 كتاب « جمع الفوائد - ينابيع المودهء - و مشرق الاكوان ) بدست ما نرسيده است . مذهب شيخ قندوزى شيخ قندوزى از جمله افاضل « حنفى مذهب در فروع » و از جمله اساطين « طريقه نقشبنديه » است . بطورى كه فرزندش « سيد عبد القادر » در كتابت ، بشرح احوالات پدرش براى بعضى بزرگان او را « حنفى مذهب و نقشبندى مشرب » معرفى كرده است . نسب شيخ قندوزى نسب او طبق شجره‌نامه‌اش به « سلاله پاك امام حسين عليه السلام » مىرسد