تهاجمات صفويان به اين ناحيه ، به ما وراء النهر رفته و به خدمت سلاطين ازبك در آمده است . يك نوع تشتت فكرى را نيز دربارهء وى مىتوان سراغ گرفت . او هم نوشتهء كلامى دارد كه عبارت از حواشى او بر شرح مواقف و تجريد است ؛ هم نوشته‌هاى صوفيانه و درويشانه دارد كه فراوان در نوشته‌ها و نيز آنچه در شرح حال او آمده ، موجود است ؛ و هم تمايلات فقيهانه آن چنان كه در سلوك الملوك آورده است . به علاوه او مورّخى تواناست كه توانايىاش را در « عالم‌آراى امينى » و « مهمان نامهء بخارا » نشان داده است . از نقطه نظر فكرى ، او در باب تسنن و تشيع هم گرفتار نوعى تشتت بوده است ، به طورى كه در مواردى از زندگىاش به سمت تشيع و در مواردى ديگر به سمت تسنن گرايش داشته است ؛ گرچه بايد گفت كه هيچ‌گاه رسما شيعه نشده است . در ادامه توضيحات مفصل‌ترى در اين باره خواهد آمد . زمانى كه شخصيت ابن روزبهان در چنين فضاى متشتتى ترسيم شود ، روشن خواهد شد كه چه تصوير در هم ريخته‌اى از او بدست مىآيد . فردى صوفىمنش كه مىخواهد بر انديشه صوفيانه‌اش تكيه كند ، همزمان تحت تأثير متصوّفه متشيّع ، علايق شيعى از خود نشان مىدهد ؛ يكباره مورخى واقع‌گرا مىشود و در عين حال به مصلحت مخدوم خود ، سلطان يعقوب آق‌قويونلو ، بر ضد خاندان شيخ صفى كه از اعلام متصوفه متشيع ايران‌اند مطلب مىنويسد ؛ بعدها بدنبال غلبه صفويان به خدمت سلطان ديگرى در مىآيد و به مذاق او ، مبانى فقهى - سياسى خود را عرضه مىكند و مجددا مجبور مىشود تا لااقل تا حدودى عقايد شيعى خود را كنار بگذارد و . . . اينها همه از او شخصيتى را مىسازد كه « مصلحت طلبى » او را بر « اعتقاد صميمى و قلبىاش » غلبه داده و « عطوفت صوفيانه » را در او ، به « كينه‌توزى مذهبى » تبديل كرده است . براى منابع شيعى مهمترين ويژگى او گرايش ضد شيعى اوست كه در اواخر عمرش از وى هويدا شد . واله اصفهانى ذيل عنوان خواجه مولاناى اصفهانى مىنويسد : از مشاهير متعصّبان اهل سنت و جماعت بود . چون آفتاب دولت مذهب حق جعفرى از مطلع سعادت طالع شد و خورشيد عالم تاب اوج شهريارى به تيغ جهانگشاى ، زنگ‌زداى مذهب باطله گرديد ، مولانا را در وطن مألوف مجال اقامت نمانده خود را به هرات رسانيد و در زمان استيلاى شيبك خان بر خراسان ملازمت اختيار نموده پيوسته به مقتضاى ويل لمن كفّره نمرود به واسطهء اظهار عداوت اهل بيت مطعون خان بود تا در بخارا در پنجم جمادى الاولى سنهء سبع و عشرين و تسعمائه ميل ملاقات پيشوايان طريقهء خود