10 - مراصد التدقيق و مقاصد التحقيق ، بخش منطق آن در كتابخانه دانشگاه تهران موجود است و بخش علم الهى نيز در برخى از كتابخانه‌هاى تهران به شكل مخطوط وجود دارد . 11 - المحاكمات بين شراح الاشارات ، سه مجلد ، نام آن در خلاصه و اجازه مهنا آمده است . 12 - الاشارات الى معنى الاشارات ابن سينا ، به گفته ذريعه يكى از سه شرح اشارات است . 13 - ايضاح المعضلات من شرح الاشارات خواجه نصير الدين توسى . 14 - بسط الاشارات ، از شروح علّامه بر اشارات است و نسخه‌اى از آن به خط نويسنده نزد شيخ ما بهايى موجود مىباشد . 15 - تجريد الابحاث في معرفه العلوم الثلاث ، المنطق و الطبيعى و الالهى ؛ آن گونه كه در خلاصه ثبت شده است ولى از برخى نسخ خلاصه برمىآيد كه نام اين كتاب « تحرير الابحاث » بوده است . آثار منطقى 1 - الدر المكنون في علم القانون ، در خلاصه مذكور است . 2 - القواعد الجليه في شرح الرسالة الشمسيه دبيران قزوينى ، شرح به صورت قال اقول است و نسخه‌اى از آن به خط علّامه در كتابخانه آستان قدس رضوى وجود دارد . 3 - الجوهر النضيد في شرح منطق التجريد خواجه نصير ، در ايران به چاپ سنگى رسيده و تعليقه‌اى از حكيم ميرزا طاهر تنكابنى بر آن نوشته شده است . اين كتاب را برادرم موسى صدر كه اكنون بيگناه در زندان ليبى است ، بر من خواند ، خدايش گشايش و رهايش دهد . 4 - نهج العرفان في علم الميزان ، در خلاصه مذكور است . 5 - آداب البحث ، به گزارش صاحب ذريعه نسخه‌اى از آن در مخزن مولى محمّد على