وى از خصّيصان و نزديك‌ترين اصحاب امام باقر عليه السّلام بوده است . آن حضرت در ابتداى ورود جابر به مدينه ، كتابى به او داد و فرمود : « تا وقتى بنى اميه حاكم‌اند اگر آن را نقل كردى ملعونى ! و بعد از زوال بنى اميّه اگر آن را كتمان كردى ملعونى ! » ؛ سپس كتاب ديگرى به وى داده و فرمود : « اگر چيزى از اين كتاب را براى كسى نقل كنى لعنت من و پدرانم بر تو باد ! » . اين امر نشان دهنده نهايت قرب وى به آن جناب و اعتماد امام عليه السّلام به او است در دادن اسرارى كه افشاى آنها نزد هر كسى امكان‌پذير نبود . از اين‌رو امام باقر عليه السّلام به وى فرمود : « يا جابر حديثنا صعب مستصعب . . . لا يحتمله و الله الّا نبىّ مرسل أو ملك مقرّب أو مؤمن ممتحن . . . » . وى مىگفت : پنجاه هزار حديث شنيده و براى أحدى نقل نكرده‌ام ! و بنا به نقلى ديگر ، مىگفت : نود هزار حديث از امام باقر عليه السّلام شنيده‌ام كه براى احدى نقل نكرده و نخواهم كرد ! و گفته شده كه علوم ائمه عليهم السّلام به چهار نفر رسيد : سلمان ، جابر بن يزيد جعفى ، سيّد ، و يونس بن عبد الرحمن ! وى روزى به امام باقر عليه السّلام عرضه داشت كه : « فدايت شوم از آنچه از اسرار بر من حديث كرده و فرموده‌ايد براى كسى بازگو نكنم ، بار گرانى بر من نهاده‌ايد ، و گاه چيزى شبيه جنون در قلب خود حسّ مىكنم ! » ؛ امام عليه السّلام فرمود : « هرگاه چنين شد به صحرا برو و چاله‌اى بكن و سر در آن فرو برده بگو : « حدّثنى محمد بن على بكذا و كذا ! » به يمن بهره‌گيرى از منبع فيّاض علوم اهل بيت عليهم السّلام ، وى گاهى از امور مخفى و حوادث آينده نيز خبر مىداد ! بنا به نقل كشّى ، گروهى از وى خواستند كه در بناى مسجدى آنان را يارى دهد ؛ وى در پاسخ گفت : « من در بنايى كه مرد مؤمنى از آن سقوط كرده و خواهد مرد ، كمك نخواهم كرد ! » آن جماعت از نزدش خارج شده و وى را متهم به دروغ و بخل مىكردند ! فرداى آن روز پولشان تمام شد و دست از كار كشيدند و پاى بنّا لغزيد و افتاد و مرد ! روايات ديگرى ، بروز برخى خوارق عادات از او را نقل كرده‌اند ؛ هم‌چون بيرون آوردن انگشترى از فرات با اشاره به آب و بالا آمدن آن ، و يا فهم زبان حيوانات ، و طىّ الارض و امثال آن ! بنا به نقل كشّى ، وى روزى به يكى از شيعيان گفت : « دوست دارى ابا جعفر امام باقر عليه السّلام را ببينى ؟ » ! مرد گفت : آرى . پس جابر دستى بر چشمان وى كشيد و او به سرعتى بالاتر از سرعت باد به مدينه رسيد و خود را در مدينه يافت ! وى گويد : در اين هنگام با خود گفتم : « اى كاش ميخى مىداشتم و بر اين‌جا مىكوفتم و سال بعد كه