الفصل الثالث محتويات القرآن ما جاء في الموسوعة وردّه في اثنتي عشرة قضية جاء في الموسوعة : « يصعب جدا تصنيف محتويات القرآن ، حيث إنه إذا صنفت محتوياته حسب الفترة الزمنية فإن هذا يؤدي إلى تناقض ، حيث إن الموضوع المعالج لبعض المواد يختلف باختلاف الفترة الزمنية . إن السور الأولى للقرآن تركز على أن اللّه هو خالق هذا الكون ، وأن نعمه على الجنس البشري يستحق منهم الثناء والحمد عليها ، وأن اللّه يجازي أو يعاقب الناس على حسب موقفهم نحوه ، كما أن هنالك وصفا لحساب الناس ، حيث بعضهم ينال نعيم الجنة وآخرون يعذبون في نار جهنم ، ومن الغريب والعجيب حقا أنه ليس هنالك إشارة إلى وحدانية الخالق في الفصول الأولى من القرآن . وهنالك مصدر يقول إن محمدا اعترف بالسلطة النسبية لثلاثة آلهة هم اللات ومناة والعزى ، ولكنه عاد وألغى ذلك في وقت لاحق . كما أن هنالك بعض الإشارات إلى تغيير الطقوس الدينية للصلاة . إلا أن السور التي جاءت مؤخرا تؤكد على مبدأ وحدانية الخالق ، كما أنها تسفه الآلهة والأصنام التي يعبدها العرب ، والإشارة في هذه السور إلى يوم البعث والجنة والنار أقل ذكرا وأقصر في التعبير عنها ، كما أن هنالك تنديدا لعبدة الأصنام وللجاحدين والكافرين برسالة محمد ، كما أن هنالك إشارة في هذه السور إلى الأنبياء الذين أنذروا شعوبهم وقوبلوا بالاستنكار فحلّت بهم المصائب العنيفة عقابا لهم . إنّ فشل الأنبياء في إقناع شعوبهم يعكس أيضا