روش فلسفي شهرزورى ، در كتاب « شجرهء إلهية » ( والبتة همچنين در « شرح حكمة الاشراق » ) اشراقي است . ساختمان فلسفه را در أصل مبتنى بر مكاشفه ، مشاهده ، وحدس فلسفي مىداند . در نظر وى علم حضوري مقدم بر علم حصولي است ؛ قائل به كثرت عقول است ؛ ودر مبحث وجود ، قائل به اصالت ماهيت . شدت وضعف را در مقولات وارد مىداند ، وحركت را داخل در آن . قائل است به بقاى نفس ومراتب آن بعد از مفارقت از بدن . مثل افلاطونى را محقق مىداند ، وعالم مثال را عالمي جداگانه ، كه « اثبات » آن بر مبناى مجرد برهان ميسر نيست ، بلكه ادراك آن ، همان گونه كه جميع حكماى متألهين بيان داشته‌اند ، محتاج به رياضت نفس ، حدس صائب فلسفي ، ذوق ومكاشفه است . علم ما بعد الطبيعة را به دو فن : علم كلى ( آنچه به نام أمور عامه ، جواهر ، واعراض مشهور است ) ؛ 77 وعلم الهى ( آنچه به نام الهى به معناى اخصّ مشهور است ) ، 78 تقسيم كرده ، مباحثى نظير مقامات عارفين ، عشق ، بعثت أنبياء ، سرّ رؤيا ، ونيرنجيات را شامل فن أخير مىداند . واما ، كاملترين نسخه‌اى كه تا كنون از « شجرهء إلهية » بدان دسترسى يافته‌ايم ، نسخهء برلين شمارهء 5023 است ؛ با ابعاد : 18 در 27 ؛ متن 11 در 20 سانتيمتر ؛ تعداد سطور 33 - حدود بيست كلمه در هر سطر - در 319 برگ به خط شكستهء نستعليق ريز ؛ كه نسخه‌اى است بىتاريخ محتملا متعلق به قرن 11 هجرى . اين كتاب به پنج بخش اصلى ، هر كدام به نام « رساله » تقسيم شده است ، بدين گونه : 79 1 - الرسالة الأولى : في المقدمات وتقاسيم العلوم . 2 - الرسالة الثانية : في ماهية الشجرة وتفاصيل العلوم الآلية المنطقية . 3 - الرسالة الثالثة : في الاخلاق والتدابير والسياسات . 4 - الرسالة الرابعة : في العلوم الطبيعية . 5 - الرسالة الخامسة : في العلوم الإلهية والاسرار الربانية . فهرست مطالب آن را ذكر مىكنيم تا جامعيت آن معلوم شود : الرسالة أولى : في المقدمات وتقاسيم العلوم